Auf Monster Island träumt ein winziger, verstrahlter Dinosaurier namens Chibi Godzilla davon, eines Tages stark genug zu werden, um eine Umarmung von seinem kolossalen Vater, dem König der Monster, zu verdienen. Sein tägliches Leben aus Training und Spiel wird unterbrochen, als ein robotisches Monster, Chibi Mechagodzilla, ohne Erinnerung an seine Vergangenheit an der Küste angespült wird. Die beiden werden schnell zu einem komischen Duo, wobei Chibi Godzillas rücksichtslose Energie auf die ernste und logische Persönlichkeit seines neuen Freundes trifft, während sie ihre Heimat erkunden.

Ihre Abenteuer führen sie zu den anderen Bewohnern der Insel, alles geschrumpfte, niedliche Versionen klassischer Kaiju. Dazu gehören Chibi Ghidorah, ein dreiköpfiger Drache, dessen Köpfe sich ständig streiten und widersprechen; die schüchterne und göttliche Chibi Mothra, die durch die Zwillings-Feenpriesterinnen Shobijin kommuniziert und heimlich ein Otaku-Hobby pflegt; der narzisstische Chibi Rodan, dessen Ego so zerbrechlich ist, dass Kritik ihn in Ohnmacht fallen lässt; und das Smog-Monster Chibi Hedorah, das ironischerweise Schmutz verabscheut. Die Insel beherbergt auch ein sanftes Pflanzenmonster und Barbesitzer namens Chibi Biollante, den brüllenden, aber unverständlichen Chibi Anguirus, sowie Chibi Godzillas jüngere Schwester Chibi Minilla.

Ein größerer Handlungsbogen beginnt mit der Ankunft von Chibi Gigan, einem Cyborg-Monster, das geschickt wurde, um Chibi Mechagodzilla zurückzuholen und Monster Island zu zerstören. Chibi Gigan ist jedoch komisch inkompetent, da seine bösen Pläne leicht widerlegt werden und er häufig überredet wird, seine Mission aufzugeben, oft um stattdessen nach Hause zu gehen oder einen Teilzeitjob anzunehmen. Diese Bedrohung offenbart, dass Chibi Mechagodzilla ursprünglich für Zerstörung gebaut worden sein könnte, was einen inneren Konflikt auslöst, da er sich fragt, ob es sicher ist, bei seinen neuen Freunden zu sein. Trotzdem findet er einen Platz in der Gruppe, die später um Chibi JJ erweitert wird, einen Roboter, der als selbsternannter Polizist der Insel fungiert. Die Serie begleitet diese winzigen Monster durch kurze, gag-lastige Episoden, in denen sie für Monsterprüfungen lernen, Gelegenheitsjobs ausüben und die Absurditäten des Alltags bewältigen, während Chibi Godzilla weiterhin danach strebt, ein großes Monster wie sein Vater zu werden.