In der späten Muromachi-Zeit, einer Ära der Krieg führenden Staaten und aufkommender Ninja-Clans, verlässt ein zehnjähriger Junge namens Rantarou sein Zuhause, um sich an der Ninjutsu-Akademie einzuschreiben. Seine Familie hofft, dass er seine unbeholfene Natur und seine schlechte Sehkraft überwinden wird, um ein erstklassiger Ninja zu werden. Rantarou ist entschlossen, und sein Motto ist Anstrengung, aber sein Weg zum Elite-Ninja ist eher mit humorvollen Missgeschicken als mit heldenhaften Triumphen gepflastert.

An der Akademie freundet er sich schnell mit zwei anderen Erstklässlern an. Kirimaru ist ein pragmatischer Waise, der seine Eltern im Krieg verloren hat und nun von einem unerbittlichen Antrieb überlebt, durch unzählige Nebenjobs Geld zu verdienen. Er ist scharfsinnig, sarkastisch und kann das Klimpern einer fallenden Münze aus unmöglicher Entfernung hören. Shinbei ist der fröhliche und rundliche Sohn eines wohlhabenden Kaufmanns, der zur Schule geschickt wurde, um Disziplin zu lernen. Er zeichnet sich durch einen bodenlosen Appetit, eine ständig laufende Nase und überraschende Ausbrüche übermenschlicher Stärke aus. Zusammen sind diese drei als Nintama bekannt, eine Kombination der Wörter Ninja und Tamago (Ei), was bedeutet, dass sie noch Auszubildende sind.

Die Ninjutsu-Akademie ist ein weitläufiger, geheimer Campus, versteckt in den Bergen der Kansai-Region. Es ist eine vollständige Bildungsumgebung mit Klassenzimmern, Bibliotheken und Krankenstationen, aber mit einem Ninja-Dreh. Die Schüler sind nach Klassenstufen und Klassen organisiert, wobei das Haupttrio zur ersten Klasse Ha gehört. Ihr Klassenlehrer ist der strenge, aber fürsorgliche Doi-sensei, der oft als Straight Man für die Streiche seiner Schüler endet. Ihm zur Seite steht der cross-dressende Yamada-sensei, ein Meister der Verkleidung, dessen Verwandlungen oft zu Verwirrung führen. Die Schule wird von einem exzentrischen, älteren Schulleiter geleitet, der eine besondere Vorliebe für eine seltsame, schneckenähnliche Kreatur namens Hemuhemu hat. Zum Chaos tragen die Kunoichi-Klasse bei, eine Gruppe von schelmischen und einfallsreichen Mädchen in Ausbildung, sowie eine Reihe von Oberstufenschülern mit ihren eigenen einzigartigen Marotten und Spezialitäten, vom Fallenbau bis zum Gewehrhandling.

Die Serie folgt keiner einzigen übergreifenden Handlung, sondern ist stattdessen eine langjährige Sammlung episodischer, alltäglicher Abenteuer. Eine typische Geschichte folgt Rantarou, Kirimaru und Shinbei, während sie versuchen, eine Klasse zu bestehen, eine Aufgabe zu erledigen oder etwas Taschengeld zu verdienen. Ihre Pläne gehen unweigerlich schief und verwandeln einfache Aufgaben wie das Jäten eines Gartens oder das Überbringen einer Nachricht in aufwendige Misserfolge. Ein Großteil des Humors ergibt sich aus dem Kontrast zwischen ihren Ninja-Aspirationen und ihren kindlichen, nachvollziehbaren Schwächen. Kirimaru wird eine Mission für eine verlorene Münze aufgeben, Shinbei wird die Beweise essen, und Rantarous aufrichtige Bemühungen werden durch sein schlechtes Timing und Pech untergraben.

Während der Ton überwiegend komödiantisch ist, geben mehrere wiederkehrende Erzählbögen Struktur. Die Hauptantagonisten sind das Dokutake-Ninja-Korps, eine rivalisierende Gruppe von komisch inkompetenten Schurken, die ständig darauf aus sind, die geheimen Schriftrollen der Akademie zu stehlen oder lokale Dörfer zu erobern. Ihre Pläne sind ausgeklügelt, werden aber immer vereitelt, oft zufällig, dank der Nintama. Ernsthaftere Handlungsstränge tauchen gelegentlich auf, oft mit Fokus auf Kirimaru. Episoden, die seinen Status als Waise oder seine Angst, von seinem Lehrer Doi-sensei verlassen zu werden, erforschen, fügen der Serie eine Schicht echter Emotion hinzu. Andere Bögen beinhalten dramatische Rettungsaktionen, Feste und intensive, sportähnliche Wettkämpfe zwischen den Klassen. Trotz ihres historischen Settings ist die Welt voller absichtlicher Anachronismen für komödiantische Effekte, einschließlich moderner Sprachmuster, Verkaufsautomaten und sogar Armbanduhren. Die Serie wird seit Jahrzehnten kontinuierlich ausgestrahlt, hat über 2.000 kurze Episoden angesammelt und hat auch Bildungsspecials zu Themen wie Verkehrssicherheit und Brandschutz produziert.