Im Originalmanga Rakudai Ninja Rantarō schreibt sich ein junger, entschlossener Junge namens Rantarō auf Empfehlung seines Vaters an der renommierten Ninjutsu Gakuen ein, einer geheimen Schule, die tief in den Bergen der Kansai-Region während Japans Sengoku-Zeit versteckt ist. Sein Traum ist es, ein erstklassiger Elite-Ninja zu werden. Sein Weg ist jedoch alles andere als einfach, denn er freundet sich schnell mit zwei anderen Erstklässlern an, die beide ihre eigenen Eigenheiten und Herausforderungen haben.

Rantarō ist energiegeladen und besitzt unglaublich schnelle Beine, aber seine schlechte Sehkraft bedeutet, dass er nie ohne seine runde Brille ist. Zu ihm gesellen sich Kirimaru, ein verwaister Junge, der seine Eltern im Krieg verloren hat und sich nun durch einen unermüdlichen Drang, Geld durch unzählige Nebenjobs zu verdienen, über Wasser hält, und Shinbei, der wohlhabende und ständig hungrige Sohn eines Kaufmanns, dessen Liebe zum Essen nur von seinen gelegentlichen Zeichen überraschender Stärke übertroffen wird. Gemeinsam meistern dieses ungewöhnliche Trio die täglichen Strapazen des Ninja-Trainings, die sie oft auf tollpatschige Weise zu bewältigen scheinen, was zum „Versagen“ führt, das im originalen japanischen Titel impliziert wird.

Die Schule ist von der ersten bis zur sechsten Klasse strukturiert, wobei die Erstklässler nach dem klassischen Iroha-Ordnungssystem in drei Gruppen eingeteilt sind: Ha-gumi (die Klasse der Hauptcharaktere), I-gumi (bekannt für ihr akademisches Prahlen) und Ro-gumi (eine düsterere und exzentrischere Gruppe, die stark von ihrem geisterhaften Lehrer beeinflusst wird). Das Lehrpersonal besteht aus einer bunten Besetzung ehemaliger Ninjas, darunter der strenge aber gutherzige Hansuke Doi und der mächtige aber tollpatschige Yamada-sensei. Trotz des historischen Settings ist die Erzählung voller bewusster Anachronismen zu komödiantischen Zwecken, wie etwa Verkaufsautomaten oder Armbanduhren, und durchbricht häufig die vierte Wand, indem Charaktere mit den Panels des Mangas oder der Autorin selbst interagieren.

Die Geschichte ist größtenteils episodisch und konzentriert sich auf die Abenteuer, Missgeschicke und Interaktionen des Trios mit ihren vielfältigen Mitschülern und Lehrern. Bemerkenswerte wiederkehrende Erzählstränge umfassen Kirimarus ständige Pläne, Profit zu machen, Shinbeis nie endende Suche nach Essen und die wettbewerbsorientierten aber freundschaftlichen Rivalitäten zwischen den verschiedenen Erstklässler-Klassen. Im Verlauf der Serie gibt es auch gelegentlich längere Handlungsbögen mit rivalisierenden Ninja-Gruppen, wie dem Dokutake Ninja Corps, die den Frieden der Schule bedrohen und die Schüler zur Zusammenarbeit zwingen. Der Manga lief über Jahrzehnte, und obwohl die Charaktere Sommer- und Winterferien durchleben, schließen sie bemerkenswerterweise nie ab oder steigen in die nächste Klasse auf, wodurch der zeitlose Status quo ihrer Grundschul-Ninja-Ausbildung erhalten bleibt.