Die Geschichte folgt Rantarō Inadera, einem Jungen aus einer langen Linie von niederrangigen Ninjas, der sich an der Ninjutsu-Akademie einschreibt, einer spezialisierten Schule, die in den Bergen der Kinki-Region versteckt ist, um seinen Traum zu erfüllen, ein erstklassiger Elite-Ninja zu werden. Der Schauplatz ist die späte Muromachi-Zeit, eine Zeit der Krieg führenden Staaten, obwohl der Manga frei moderne Anachronismen wie Verkaufsautomaten und Armbanduhren für komische Effekte einbaut. Rantarō freundet sich schnell mit seinen Zimmergenossen an: dem verwaisten Kirimaru Settsuno, der davon besessen ist, durch verschiedene Nebenjobs Geld zu verdienen, und Shinbei Fukutomi, dem langsam agierenden, gefräßigen Sohn eines wohlhabenden Händlers, der verborgene Stärke und einen mächtigen Kopf besitzt. Zusammen mit dem Rest der akademisch kämpfenden Erstklässler der Ha-Klasse finden sich diese drei Freunde ständig dabei wieder, durchfallende Noten zu erzielen, Nachhilfeunterricht zu benötigen und ihren lang leidenden Lehrern, dem jungen Ausbilder Doi Hansuke und dem Meister der praktischen Fähigkeiten Yamada Denzo, Ärger zu bereiten.

Die Erzählung besteht aus in sich geschlossenen komödiantischen Episoden und längeren Handlungsbögen, in denen die Schüler ihre sich entwickelnden Ninja-Fähigkeiten in realen Situationen anwenden. Eine wiederkehrende Konfliktquelle ist das Dokutake-Schloss, eine kriegstreiberische Feindesdomäne unter der Führung ihres exzentrischen Ninja-Korps-Kommandanten Hieta Hopposai, dessen Pläne routinemäßig von den Schülern der Akademie vereitelt werden. Der erste Band stellt das Trio vor, während sie Pflichten wie den Abenddienst verrichten, einen geheimen Brief überbringen und dabei Banditen bekämpfen, und eine gefährliche Rettungsmission unternehmen, um Shinbei vor den Soldaten des Kumonosu-Schlosses zu retten. In einem bemerkenswerten frühen Handlungsbogen freunden sich Rantarō und seine Freunde mit Hyōgo Daisankyōeimaru an, dem seekranken und schwimmphobischen Admiral der Hyōgo-Marine, und helfen ihm, eine neue Art von Kanone zurückzuholen, die von den Dokutake-Ninjas gestohlen wurde, wobei sie sowohl die Waffe als auch die feindliche Festung erfolgreich zerstören. Eine andere Geschichte beinhaltet, dass das Trio einen Waffenstillstandsbrief zwischen den Schlössern Enoki und Nameko überbringt, was zu weiteren Konflikten mit feindlichen Streitkräften führt. Der Manga zeichnet sich durch seine Mischung aus historischer Recherche und absurdem Humor aus, lehrt authentische Ninja-Techniken aus historischen Handbüchern, während er gleichzeitig die vierte Wand durchbricht, wobei Charaktere aus Panelrahmen klettern oder direkt mit dem Autor interagieren.