Rei, eine widerwillige, aber äußerst fähige Attentäterin, die für die geheimnisvolle Zero-Abteilung der Tokioter Polizei arbeitet, führt ein nomadisches und emotional leeres Leben. Auf Anweisung ihres Handlers Mutoh zieht sie von einer kargen Wohnung zur nächsten und eliminiert Ziele, die als Bedrohung für die Gesellschaft gelten. Ihr neuester Auftrag besteht darin, einen korrupten Anwalt auszuschalten, eine Aufgabe, die sie mit kalter Präzision ausführt.

Während sie regelmäßig eine örtliche Bar besucht, bemerkt Rei einen verstörten jungen Mann namens Mitsuru, der als männlicher Prostituierter arbeitet. Nachdem sie miterlebt, wie er von einer Gruppe Schlägern schwer verprügelt wird, trifft sie eine untypische Entscheidung und nimmt ihn bei sich auf, damit er sich erholen kann. Als Mitsuru beginnt, die Leere in ihrem einsamen Leben zu füllen, erschüttert eine Serie brutaler Morde die Stadt. Die Opfer sind allesamt Männer, die andere missbraucht oder ausgebeutet haben, und die Taten tragen die unverkennbare Handschrift eines Profikillers, was darauf hindeutet, dass der Täter ein abtrünniger Zero-Agent sein könnte.

Rei beginnt bald zu vermuten, dass der sanftmütige junge Mann, den sie kennengelernt hat, der Mörder sein könnte, der Rache an denen übt, die ihm Unrecht getan haben. Während sie mit ihrer wachsenden emotionalen Bindung an ihren einzigen Freund kämpft, erhält sie auch von der Zero-Abteilung den Auftrag, den mysteriösen Mörder aufzuspüren und zu eliminieren. Zwischen ihrer Pflicht gegenüber der Polizei und ihrer persönlichen Loyalität gefangen, muss Rei die Wahrheit hinter den Morden aufdecken, bevor sie selbst zum nächsten Ziel wird.