Ein junger Ninja-Lehrling namens Kanzo Hattori wird von seinem Zuhause in den Iga-Bergen in die geschäftige moderne Stadt Tokio, die er als Edo kennt, zu seiner letzten Ausbildungsmission geschickt. Sein Vater, Jinzo Hattori, gibt ihm eine strenge Regel, die er befolgen muss: Er muss eine Person als seinen Meister wählen und sie mit seinem Leben beschützen, darf aber niemals zulassen, dass ihn jemand anders sieht. Wenn seine Anwesenheit entdeckt wird, wird er für immer aus dem Iga-Clan verbannt.

Bei seiner Ankunft in der ungewohnten Metropole trifft Hattori, ein reinherziger und hochqualifizierter Ninja, der archaisches Japanisch spricht und von Alltagsgegenständen wie Reiskochern und Neonlichtern verwirrt ist, auf Kenichi Mitsuba, einen schüchternen und introvertierten neunjährigen Jungen, der mit Gefühlen der Isolation kämpft und in der Schule nicht beliebt ist. Hattori erklärt Kenichi zu seinem Meister, und die beiden schließen eine ungewöhnliche Freundschaft. Während Hattori Kenichi in Selbstvertrauen und Selbstverteidigung unterrichtet, hilft Kenichi dem verwirrten Ninja, die Komplexitäten des Lebens im 21. Jahrhundert zu bewältigen. Kenichi heimlich schwärmt für eine freundliche junge Frau namens Midori, die Künstlerin und blind ist – eine Tatsache, die es ihr ermöglicht, mit Hattori zu interagieren, ohne ihn technisch gesehen zu sehen, wodurch sie die einzige andere Person ist, die von seiner Existenz weiß.

Der Frieden wird bald durch eine Reihe seltsamer Angriffe gestört; Menschen werden bewusstlos aufgefunden, ohne sichtbare Verletzungen, wobei jedes Opfer eine Tätowierung des Wappens des rivalisierenden Koga-Ninja-Clans trägt und ein Wurfmesser neben ihnen zurückgelassen wird. Hattori entdeckt, dass der neue Lehrer an Kenichis Schule, Sato Sensei, tatsächlich sein alter Rivale, Kemumaki Kemozo, ein Ninja aus dem Koga-Clan, ist. Als Hattori Kemumaki mit einem Dart von den Tatorten konfrontiert, bestreitet Kemumaki seine Beteiligung, erklärt, er habe den Koga-Clan für immer verlassen, und identifiziert die Waffe als Eigentum eines tödlichen herrenlosen Ninjas namens Kurokage, der giftige Darts verwendet.

Die Situation eskaliert, als Kurokage Kenichi entführt und Hattori zwingt, seine heiligste Regel zu brechen, um seinen jungen Meister zu retten. Er verfolgt den herrenlosen Ninja bis zu seinem Versteck, wo ein angespannter Nahkampf stattfindet. In einer überraschenden Wendung trifft Kemumaki ein und beschließt, sich mit seinem früheren Rivalen zusammenzuschließen, um den gemeinsamen Feind zu besiegen. Beeindruckt von der Freundschafts- und Loyalitätsbindung zwischen Hattori und Kenichi übergibt der sterbende Kurokage Hattori eine Schriftrolle aus dem Koga-Clan, die das Gegenmittel für sein Gift enthält, bevor er sein eigenes Versteck in Brand setzt.

Hattori entkommt mit Kenichi, glaubt aber, da er von anderen gesehen wurde, dem Dekret seines Vaters folgen und nach Iga zurückkehren zu müssen, um sich dem Exil zu stellen. Bevor er geht, übergibt er die Gegenmittel-Schriftrolle an Kemumaki, um die anderen Opfer zu retten. Er verabschiedet sich endgültig von Kenichi und ermutigt ihn, mit jedem Freund zu sein, der verstehen und sich gegenseitig unterstützen kann. Als Hattori jedoch zu seinem Vater zurückkehrt und sein Versagen gesteht, vergibt Jinzo Hattori ihm, da er erkennt, dass sein Sohn eine wichtigere Lektion über die Menschlichkeit gelernt hat, als es jede Ninja-Regel lehren könnte. Hattori darf nach Tokio zurückkehren, wo er sich freudig mit Kenichi wiedervereint, nachdem er nicht nur einen Meister, sondern einen wahren Freund gefunden hat.