Eine jugendliche Straftäterin und Gang-Anführerin namens Saki Asamiya befindet sich im Gefängnis, während ihre Mutter ebenfalls inhaftiert und wegen des mutmaßlichen Mordes an ihrem Vater zum Tode verurteilt ist. Ihr Leben nimmt eine unerwartete Wendung, als sie von einem mysteriösen Regierungsagenten namens Kurayami Shirei besucht wird, der für einen geheimnisvollen Kabinettszweig arbeitet, bekannt als der innere Kabinettsnachrichtendienst. Er bietet Saki einen Deal an, um ihre Freiheit zu sichern und das Todesurteil ihrer Mutter umzuwandeln, im Austausch dafür, dass sie eine Undercover-Agentin in einem neuen Sukeban Deka-Projekt wird. Als Sukeban Deka, oder delinquente Detektivin, erhält Saki eine spezielle Waffe und ein Abzeichen – ein superdichtes Metall-Yo-Yo, das sie mit tödlicher Präzision führt. Ihr Führungsoffizier, ein Polizist namens Jin Kyoichiro, beauftragt sie, verschiedene Highschools zu infiltrieren und kriminelle Gangs sowie Korruption zu bekämpfen, die die reguläre Polizei nicht erreichen kann.

In der Spielfilmfortsetzung der Fernsehserie steht Saki ihrem bisher gefährlichsten Gegner gegenüber: einem größenwahnsinnigen Highschool-Rektor. Dieser Schurke betreibt eine abgeschiedene Inselanstalt für straffällige Schüler, die heimlich als Einrichtung dient, um Teenager zu gehorsamen Soldaten für ein zwielichtiges Syndikat zu manipulieren. Um diese stark befestigte Festung zu infiltrieren und den Betrieb zu zerschlagen, muss Saki sich mit zwei weiteren Sukeban Dekas und ihrer Verbündeten, bekannt als Marble Girl, zusammenschließen. Gemeinsam stellen sie sich dem Rektor und der bösen Mizuchi-Verbrecherfamilie, einschließlich der gefürchteten Schwestern Remi, Ayumi und Kumi, in einem finalen, gewalttätigen Showdown, der Sakis Entschlossenheit und ihre Fähigkeiten mit dem Yo-Yo auf die Probe stellt.