In einer Welt, die durch einen Atomkrieg verwüstet wurde, ist die Zivilisation zu einer kargen Einöde verfallen, in der die Starken die Schwachen jagen. Inmitten der Ruinen durchstreift ein einsamer Krieger namens Kenshiro die Wüste. Kenshiro ist der vierundsechzigste Nachfolger von Hokuto Shinken, einer uralten Tötungskunst, die es ihrem Anwender ermöglicht, Gegner zu töten, indem er ihre verborgenen Vitalpunkte trifft, was oft dazu führt, dass ihre Körper von innen heraus explodieren. Seine Reise beginnt, nachdem sein eifersüchtiger Rivale Shin ihn verrät, ihn mit sieben Narben auf der Brust tot zurücklässt und seine geliebte Verlobte Yuria entführt. Kenshiro macht sich auf, Yuria zu retten und Gerechtigkeit in die gesetzlose Welt zu bringen.

Unterwegs schließt Kenshiro Freundschaft mit einem jungen Waisenmädchen namens Lin und einem Jungen und Dieb namens Bat, die seine Reisebegleiter werden. Sein Weg ist gepflastert mit Kämpfen gegen Banden, Kriegsherren und andere Kampfkünstler. Er stellt sich den sechs Meistern der rivalisierenden Nanto-Seiken-Schule, einer gespaltenen Tötungskunst, die sich nach dem Krieg aufteilte. Zu seinen Hauptfeinden zählen seine eigenen Adoptivbrüder aus dem Hokuto-Clan: der hinterhältige Jagi, der sanfte, aber todkranke Toki und der ehrgeizige Raoh. Raoh, der älteste Bruder, trotzte den Gesetzen von Hokuto, indem er ihren Meister Ryuken tötete, und erklärte sich selbst zum Ken-oh, dem Faustkönig, der danach strebte, die Welt durch schiere Macht zu erobern. Kenshiro muss sich Raoh in einem entscheidenden Kampf stellen, der das Schicksal der Einöde besiegelt.

Der erste große Handlungsbogen folgt Kenshiros Suche nach Yuria, die ihn in Konflikt mit Shin und den Nanto-Seiken-Meistern bringt. Er besiegt Shin und erfährt, dass Yuria lebt, aber von Raoh festgehalten wird. Kenshiro kämpft dann gegen eine Reihe immer mächtigerer Gegner, darunter den Gefängniswärter Uighur, den tödlichen Souther und seine eigenen Brüder. Der Kampf gipfelt in einer finalen Auseinandersetzung zwischen Kenshiro und Raoh auf dem heiligen Trainingsgelände von Hokuto. Kenshiro geht als Sieger hervor, und Raoh stirbt friedlich, was der Welt einen vorübergehenden Frieden bringt. Kenshiro findet sich wieder mit der sterbenden Yuria zusammen und verbringt ihre letzten Momente mit ihr, bevor sie stirbt.

Jahre später erhebt sich eine neue Bedrohung in Form des Himmlischen Imperiums, eines tyrannischen Regimes, das von einer Hauptstadt aus regiert. Bat und Lin, inzwischen erwachsen, führen die Hokuto-Armee im Kampf gegen die Unterdrückung des Imperiums an. Kenshiro kehrt aus der Abgeschiedenheit zurück, um ihnen zu helfen. Sie entdecken, dass das Imperium vom korrupten Vizekönig Jakoh kontrolliert wird, der die wahre Himmlische Kaiserin gefangen hält. Nachdem sie die Kaiserin befreit und Jakoh besiegt haben, wird Lin gefangen genommen und in das ferne Königreich Shura gebracht, ein brutales Land, das von drei dämonenartigen Oberherren regiert wird, die den dunklen Hokuto-Ryuken-Stil beherrschen. Kenshiro und der Krieger Falco verfolgen sie. In Shura erfährt Kenshiro seine eigene Herkunft und stellt sich dem mächtigsten der Oberherren, Kaioh, der vorhat, alle Anhänger von Hokuto Shinken zu vernichten. Kenshiro deckt die versiegelten Lehren des Gründers von Hokuto auf, die das Geheimnis zur Besiegung von Kaioh offenbaren. Nach einem erbitterten Kampf triumphiert Kenshiro, rettet Lin und lässt sie unter Bats Schutz zurück.

Die Serie endet damit, dass Kenshiro Raohs verwaisten Sohn Ryu unter seine Fittiche nimmt und ihn dazu führt, der nächste Nachfolger von Hokuto Shinken zu werden. Kenshiro durchstreift weiterhin die Einöde, verteidigt die Hilflosen und bewahrt das Vermächtnis des Nordsterns.