"Soukyuu no Fafner: EXODUS" ist die Fortsetzung der "Fafner"-Reihe und spielt in einer Welt, in der die Menschheit gegen die Festum, eine mysteriöse außerirdische Rasse, kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf die Bewohner der Insel Tatsumiyajima, die durch den Einsatz von Fafner-Einheiten, riesigen Kampfrobotern, geschützt werden. Die Insel ist ein Zufluchtsort für Menschen, die gegen die Festum immun sind, und wird von der Organisation "Alvis" verwaltet.

Die Geschichte beginnt einige Jahre nach den Ereignissen des Vorgängers "Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor". Die Protagonisten, darunter Kazuki Makabe, Soushi Minashiro und die anderen Piloten, haben sich weiterentwickelt und sind nun erwachsen. Sie müssen erneut gegen die Festum kämpfen, die sich ebenfalls weiterentwickelt haben und neue Bedrohungen darstellen. Die Festum haben begonnen, menschliche Taktiken zu übernehmen und sogar menschliche Gestalt anzunehmen, was die Konflikte komplexer und gefährlicher macht.

Ein zentrales Thema der Serie ist die Koexistenz zwischen Menschen und Festum. Die Charaktere stehen vor moralischen Dilemmata, da sie herausfinden, dass nicht alle Festum feindselig sind und einige sogar friedliche Absichten haben. Die Beziehungen zwischen den Charakteren, insbesondere zwischen Kazuki und Soushi, spielen eine wichtige Rolle, da sie mit ihren eigenen Identitäten und ihrer Verbindung zu den Festum kämpfen.

Die Serie führt auch neue Charaktere ein, darunter junge Piloten, die in den Konflikt hineingezogen werden. Diese neuen Generationen von Piloten müssen lernen, mit den Herausforderungen des Krieges umzugehen und ihre eigenen Wege zu finden, um die Insel und die Menschheit zu schützen. Gleichzeitig werden die Hintergründe der Festum und ihre Beziehung zur Menschheit weiter erforscht, was zu überraschenden Enthüllungen führt.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Kampfszenen, emotionalen Momenten und philosophischen Fragen über Identität, Existenz und den Preis des Überlebens. Die Serie baut auf den etablierten Mythos der "Fafner"-Reihe auf und erweitert ihn, während sie gleichzeitig die Charakterentwicklung und die zwischenmenschlichen Beziehungen in den Vordergrund stellt.