In der fiktiven Stadt Sugomori City wird ein geheimes Experiment namens "Kiznaiver-System" durchgeführt, das darauf abzielt, Menschen durch Schmerz zu verbinden. Die Teilnehmer des Experiments, bekannt als Kiznaiver, teilen nicht nur physische Schmerzen, sondern auch emotionale Empfindungen untereinander. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von sieben Jugendlichen, die unfreiwillig in das System einbezogen werden. Jeder von ihnen repräsentiert unterschiedliche Persönlichkeiten und Hintergründe, was zu Konflikten und Spannungen innerhalb der Gruppe führt.

Der Protagonist, Katsuhira Agata, ist ein emotional abgestumpfter Junge, der kaum Schmerz empfindet. Durch das Kiznaiver-System wird er mit sechs anderen Schülern verbunden: Noriko Sonozaki, die das Experiment leitet und eine mysteriöse Verbindung zu Katsuhira hat; Chidori Takashiro, eine impulsive und emotional aufgeladene Mitschülerin, die in Katsuhira verliebt ist; Hajime Tenga, ein energischer und kämpferischer Junge; Nico Niiyama, eine exzentrische und fröhliche Schülerin; Tsuguhito Yuta, ein ruhiger und intelligenter Junge; Honoka Maki, eine distanzierte und zynische Schülerin; und Yoshiharu Hisomu, ein unberechenbarer und schmerzliebender Junge.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere gezwungen, ihre persönlichen Geheimnisse, Ängste und Traumata miteinander zu teilen, da das System ihre emotionalen und physischen Zustände miteinander verknüpft. Diese Verbindung führt zu einer intensiven Charakterentwicklung, da die Gruppe lernt, miteinander zu kommunizieren und sich gegenseitig zu verstehen. Gleichzeitig werden sie mit den moralischen und ethischen Fragen des Experiments konfrontiert, insbesondere als sie die wahren Absichten und Konsequenzen des Kiznaiver-Systems enthüllen.

Die Handlung erforscht Themen wie menschliche Verbindungen, Empathie und die Natur des Schmerzes, sowohl physisch als auch emotional. Die Dynamik zwischen den Charakteren steht im Mittelpunkt, wobei ihre Beziehungen und Konflikte die treibende Kraft der Geschichte sind. Die Serie kombiniert Elemente des Science-Fiction-Genres mit tiefgreifenden psychologischen und emotionalen Aspekten, was zu einer komplexen und vielschichtigen Erzählung führt.