"Kan Colle Season 2: Let's Meet at Sea" setzt die Geschichte der anthropomorphen Schiffsmädchen, den sogenannten "Kanmusu", fort, die gegen die mysteriösen "Abyssal Flotten" kämpfen. Die Handlung konzentriert sich auf die Entwicklung der Charaktere und die Herausforderungen, denen sie sich in einem fortwährenden Krieg gegen die feindlichen Kräfte stellen müssen. Fubuki, das Zerstörermädchen, steht weiterhin im Mittelpunkt der Erzählung und wächst sowohl als Anführerin als auch als Kämpferin. Ihre Beziehungen zu anderen Kanmusu wie Akagi, Kaga, Shimakaze und Nagato vertiefen sich, während sie gemeinsam Strategien entwickeln, um die Bedrohung durch die Abyssal Flotten zu bewältigen.

Die Serie beleuchtet auch die Hintergründe und Motivationen der Abyssal Flotten, wodurch die Konflikte komplexer werden. Neue Charaktere werden eingeführt, darunter mächtige Verbündete und gefährliche Gegner, die die Dynamik des Krieges verändern. Die Handlung betont die Bedeutung von Teamarbeit, Vertrauen und Entschlossenheit, während die Kanmusu sich auf schwierige Missionen begeben, um die Meere zu schützen. Die zweite Staffel vertieft die Welt von "Kan Colle" durch eine Mischung aus emotionalen Momenten, strategischen Schlachten und charakterlicher Entwicklung, wobei der Fokus auf der Balance zwischen Action und zwischenmenschlichen Beziehungen liegt.