"Sakura Kakumei ~Hana Saku Otome-tachi~" spielt in einer Welt, in der historische Persönlichkeiten als spirituelle Wesen, bekannt als "Eirei", wiedergeboren werden. Diese Eirei sind mit speziellen Fähigkeiten ausgestattet und werden von jungen Frauen, den sogenannten "Otome", beschworen, um sie im Kampf gegen dunkle Mächte zu unterstützen. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Otome, die in einer Akademie ausgebildet werden, um ihre Fähigkeiten zu perfektionieren und die Welt vor Bedrohungen zu schützen.

Die Protagonistin, eine junge Otome namens Haruka Amami, entdeckt ihre Fähigkeit, Eirei zu beschwören, und schließt sich der Akademie an. Dort trifft sie auf andere Otome, darunter die entschlossene und erfahrene Kaoru Fujibayashi sowie die ruhige und analytische Hikari Kagura. Gemeinsam lernen sie, ihre Kräfte zu kontrollieren und mit ihren Eirei zu harmonieren, um gegen die "Kuroki", dunkle Kreaturen, die die Welt bedrohen, zu kämpfen.

Im Laufe der Serie wird die Gruppe mit verschiedenen Herausforderungen konfrontiert, darunter interne Konflikte, die Komplexität der Beziehungen zwischen Otome und Eirei sowie die Entdeckung einer größeren Verschwörung, die die Existenz der Eirei und die Stabilität der Welt bedroht. Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, Drama und mystischen Elementen, wobei die Charaktere sowohl persönlich als auch in ihrer Rolle als Beschützerinnen wachsen.

Ein zentrales Thema ist die Balance zwischen Vergangenheit und Gegenwart, da die Eirei oft mit ihren historischen Identitäten und den Erwartungen ihrer Otome kämpfen. Die Serie erkundet auch die Bedeutung von Vertrauen, Zusammenarbeit und der Überwindung von Ängsten, während die Otome lernen, ihre eigenen Stärken zu erkennen und ihre Pflichten zu erfüllen.