Vater ist der Hauptantagonist von Fullmetal Alchemist: Brotherhood. Ursprünglich war er als der Zwerg in der Flasche bekannt, ein kleiner, intelligenter Homunkulus, der aus dem Blut eines Sklaven erschaffen wurde, der später Van Hohenheim werden sollte. Dieser Homunkulus wurde versiegelt in einer Flasche gehalten und besaß umfangreiches alchemistisches Wissen, sehnte sich jedoch nach der Freiheit eines physischen Körpers. Indem er den König des antiken Landes Xerxes manipulierte, inszenierte er einen landesweiten Transmutationskreis, der jeden Bürger des Königreichs opferte. Mit den Seelen des xerxischen Volkes erschuf er einen Stein der Weisen und formte einen neuen, unsterblichen Körper für sich selbst, wobei er bewusst wählte, ihn identisch zu Hohenheims zu machen. Dieses Ereignis verlieh auch Hohenheim Unsterblichkeit und schuf eine tiefe und anhaltende Feindschaft zwischen den beiden.

Vaters Persönlichkeit ist geprägt von einem tiefgreifenden und absoluten Überlegenheitsgefühl gegenüber der Menschheit. Er betrachtet Menschen als unbedeutend und vergleicht sie mit Insekten, deren Leben unter seiner Beachtung liegen. Anfangs kann er eine Fassade ruhiger Wohlwollenheit und sogar großväterlicher Wärme aufrechterhalten, wie zu sehen ist, als er Edward Elrics Wunden heilt und Alphonse Elrics Rüstung bei ihrem Treffen repariert. Dieses Verhalten ist jedoch rein instrumentell und weicht schnell kalter, gefühlloser Pragmatik. Er hat keine echte Empathie oder emotionale Bindungen. Er bezeichnet die sieben Homunkuli als seine Kinder, und sie nennen ihn Vater, aber er empfindet keine väterliche Liebe für sie. Er behandelt sie als wegwerfbare Werkzeuge, zeigt keine Trauer, wenn sie zerstört werden, und zögert nicht, sie brutal zu bestrafen oder sogar zu töten und neu zu erschaffen, wie er es mit Greed tat. Diese Distanziertheit ist so vollständig, dass er als jemand beschrieben wird, der überhaupt keine Gefühle hat, eine Tatsache, die Hohenheim später als seine größte Schwäche identifiziert.

Vaters zentrale Motivation ist ein unerbittliches und obsessives Verlangen nach wahrer Freiheit. Da er zu Beginn seiner Existenz in einer Flasche eingesperrt war, strebt er danach, frei von allen Zwängen zu sein, nicht nur physischen, sondern auch den grundlegenden Gesetzen des Universums. Dieser Antrieb führt ihn dazu, einen jahrhundertealten Plan zu schmieden, um einen weiteren landesweiten Transmutationskreis zu erschaffen, diesmal unter Verwendung des gesamten Landes Amestris. Sein ultimatives Ziel ist es, die Bevölkerung von Millionen in einen weiteren massiven Stein der Weisen zu transmutieren und ihn zu nutzen, um das Wesen, das er als Gott oder Wahrheit bezeichnet, zu absorbieren und so ein perfektes, uneingeschränktes Wesen zu werden. Er verabscheut die Einschränkungen des Äquivalenztausches und strebt danach, sie vollständig zu überwinden.

In der Geschichte ist Vater der geheime Drahtzieher hinter Amestris' langer Geschichte von Krieg und Tragödie. Er manipulierte die Gründung der Nation, einschließlich ihrer Grenzen und ihrer zyklischen Konflikte, um einen gigantischen Transmutationskreis in das Land selbst zu gravieren. Über Jahrhunderte hinweg arbeitete er aus den Schatten, indem er die Homunkuli als seine Agenten einsetzte, darunter den mächtigen Pride und die Marionette Führer King Bradley. Seine Rolle ist es, das ultimative Hindernis für die Elric-Brüder und alle anderen Protagonisten zu sein. Sein Plan definiert den Versprochenen Tag, den Höhepunkt der Serie, an dem die Sonnenfinsternis das letzte Signal liefert, um den landesweiten Kreis zu aktivieren und die Transmutation jedes Bürgers in Amestris zu beginnen.

Vaters Schlüsselbeziehungen sind durch Nützlichkeit und Opposition definiert. Seine Verbindung zu Van Hohenheim ist zutiefst persönlich; Hohenheim ist sein Schöpfer und auch sein Opfer, das denselben Körper und dieselbe Quelle der Unsterblichkeit teilt. Die beiden teilen einen tiefen Hass, und Hohenheim widmet seine Existenz dem Stoppen von Vaters Plan. Die Homunkuli sind Erweiterungen seines eigenen Wesens, Fragmente seiner Seele, die die sieben Todsünden personifizieren, die er aus sich selbst entfernte in einem fehlgeschlagenen Versuch, Perfektion zu erreichen. Er befiehlt ihnen absolut, betrachtet ihr Leiden und ihre Zerstörung jedoch letztlich als irrelevant. Er sieht Edward und Alphonse Elric nicht als Individuen, sondern als potenzielle Opfer für sein Ritual, weil sie die menschliche Transmutation überlebt haben und das Tor der Wahrheit gesehen haben.

Vater durchläuft minimale Charakterentwicklung, was zentral für seine Darstellung als ein Wesen ist, das den Kern der Menschheit abgelehnt hat. Er beginnt als neugierige, intelligente Entität in einer Flasche, die einfach Freiheit will. Über Jahrhunderte der Macht und des Opfers wird er zu einer kalten, unmenschlichen und arroganten gottähnlichen Figur. Seine einzige signifikante Veränderung tritt im Moment seiner endgültigen Niederlage ein. Als sein Plan scheitert und Hohenheims Gegenkreis die Seelen von Amestris zwingt, ihn zu verlassen, wird er verzweifelt und wild. In seinen letzten Augenblicken, nachdem er in das Tor der Wahrheit gezogen wurde, schreit er nicht nach Erlösung, sondern nach der Freiheit und dem Wissen, das er immer wollte, ein letztes, erbärmliches Echo seines ursprünglichen Verlangens. Die Wahrheit offenbart ihm, dass sein Tor, das das Wissen und die Verbindungen repräsentiert, die er im Leben gewann, völlig leer ist, was bedeutet, dass er der Welt nichts gab und nur von anderen nahm. Dieser Moment, insbesondere im Brotherhood-Anime, ruft ein kleines Maß an Mitleid von Hohenheim hervor, was darauf hindeutet, dass Vaters anfängliche Unschuld längst durch seine eigenen Handlungen korrumpiert wurde.

Vater besitzt eine Reihe von gottähnlichen Fähigkeiten. Da sein Körper aus einem Stein der Weisen besteht, der über eine halbe Million Seelen enthält, ist er funktional unsterblich und kann Alchemie ohne Transmutationskreis oder jede physische Geste ausführen, einfach indem er es will. Eine seiner beeindruckendsten Kräfte ist die Fähigkeit, die Alchemie von jedem in Amestris zu blockieren. Dies liegt daran, dass er einen Filter seines eigenen Steins der Weisen unter dem Land platziert hat, durch den amestrische Alchemisten unwissentlich ihre Energie beziehen. Er kann diese Energie einfach abschalten. Alkahestrie aus Xing ist immun gegen diesen Effekt, da es auf eine andere Energiequelle zurückgreift. Er kann auch andere Steine der Weisen absorbieren, wie zum Beispiel den Kern eines Homunkulus zurückgewinnen, um seine eigene Kraft wieder aufzufüllen. Nachdem er das Wesen, das als Gott bekannt ist, absorbiert hat, erlangt er immense Macht, einschließlich der Fähigkeit, verheerende Energieblitze freizusetzen und Materie in kolossalem Maßstab umzuformen, aber diese Macht ist instabil und letztlich jenseits seiner Kontrolle, um sie aufrechtzuerhalten. Seine letzte Verzweiflungstat ist es, eine massive, schattenhafte Form zu erschaffen, obwohl sich auch dies als wirkungslos gegen die vereinten Bemühungen seiner Feinde erweist.