Makoto Hyuuga ist ein Oberleutnant bei NERV und einer der drei primären Computertechniker, die im Kommandoposten des Central Dogma stationiert sind, neben Maya Ibuki und Shigeru Aoba. Er arbeitet in der Abteilung für taktische Operationen und fungiert als Chefassistent von deren Leiterin Misato Katsuragi. Hyuuga ist ein hochqualifizierter Techniker, der während Engel-Angriffen das MAGI-Computersystem bedient, taktische Daten überwacht und die Startsequenzen der Evangelions koordiniert. Trotz seines nerdhaften Auftretens – er liest in den Pausen oft Manga-Comics – ist er ein fleißiger und einfallsreicher Arbeiter. Er beweist mehrfach schnelles Denken und Mut, etwa als er ein Flugzeug steuert, um Evangelion Unit-01 während des Jet-Alone-Vorfalls zu transportieren, und einen Lautsprecherwagen kapert, um die NERV-Zentrale vor dem herannahenden Engel Matarael während eines stadtweiten Stromausfalls zu warnen. Hyuuga ist Misato zutiefst ergeben und hegt eine unausgesprochene romantische Zuneigung zu ihr, obwohl er nie seine Gefühle zeigt oder ihre Beziehung zu Ryoji Kaji stört. Er unterstützt Misatos Ermittlungen zu NERVs versteckter Agenda, indem er Informationen von einer vertrauenswürdigen Quelle in Shanghai über die Massenproduktions-Evangelions weitergibt, nach der Ankunft des Fünften Children in die Aufzeichnungen der Geheimdienstabteilung hackt und klassifizierte Informationen über Kaworu Nagisa von Ibuki ausleiht. Während der Invasion des JSSDF in die NERV-Zentrale vertraut Misato ihm das Kommando über das Einsatzzentrum an, während sie Shinji Ikari retten geht. Hyuuga erledigt auch kleinere persönliche Gefälligkeiten für sie, wie ihre Wäsche abzuholen, obwohl er sie neckend faul nennt. Seine Anziehung zu Misato wird symbolisch während der Ereignisse von The End of Evangelion anerkannt, als eine Manifestation von Lilith Misatos Gestalt annimmt und ihn küsst, kurz bevor er sich in LCL auflöst. Im Laufe der Serie entwickelt sich Hyuuga von einem Hintergrundtechniker zu einer proaktiveren und moralisch engagierteren Figur, die bereit ist, Autoritäten zu trotzen und ihre Sicherheit zu riskieren, um die Wahrheit aufzudecken. In den Rebuild of Evangelion-Filmen erscheint er in einer ähnlichen Funktion und dient später auf der Brücke der AAA Wunder. Seine Fähigkeiten basieren auf technischem Fachwissen, Problemlösung unter Druck und einer ruhigen Kompetenz, die ihn zu einem zuverlässigen Mitglied der NERV-Brückenbesatzung machen.