"Neon Genesis Evangelion" spielt in einer post-apokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach einem katastrophalen Ereignis, bekannt als der "Second Impact", ums Überleben kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf die Organisation NERV, die gegründet wurde, um die Erde vor mysteriösen Wesen namens "Engel" zu schützen. Diese Engel sind mächtige, oft gigantische Kreaturen, die versuchen, die Menschheit auszulöschen und einen weiteren globalen Zusammenbruch herbeizuführen.

Im Mittelpunkt der Geschichte steht Shinji Ikari, ein 14-jähriger Junge, der von seinem distanzierten Vater, Gendo Ikari, dem Leiter von NERV, aufgefordert wird, einen riesigen biomechanischen Roboter, genannt "Evangelion" oder "EVA", zu pilotieren. Diese Maschinen sind die einzige Waffe, die effektiv gegen die Engel eingesetzt werden kann. Shinji zögert zunächst, die Verantwortung zu übernehmen, wird jedoch durch den Druck der Umstände und die Erwartungen seines Vaters dazu gezwungen.

Shinji wird von anderen Piloten begleitet, darunter Rei Ayanami, eine ruhige und mysteriöse junge Frau, die eine enge Verbindung zu Gendo Ikari zu haben scheint, und Asuka Langley Soryu, eine selbstbewusste und temperamentvolle Pilotin mit einem komplizierten Hintergrund. Zusammen kämpfen sie gegen die Engel, während sie gleichzeitig mit ihren eigenen inneren Konflikten und psychologischen Herausforderungen ringen.

Die Serie erforscht tiefgreifende Themen wie Identität, Isolation, menschliche Beziehungen und die Auswirkungen von Trauma. Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass die Engel und die EVAs mehr sind, als sie auf den ersten Blick erscheinen, und dass NERV und seine Führung dunkle Geheimnisse hüten. Die Handlung wird zunehmend komplex, mit Hinweisen auf eine größere Verschwörung, die die Zukunft der Menschheit betrifft.

Die letzten Episoden der Serie weichen von der traditionellen Erzählstruktur ab und konzentrieren sich stark auf die psychologischen Zustände der Charaktere, insbesondere Shinjis, während sie sich mit existenziellen Fragen und der Natur der menschlichen Existenz auseinandersetzen. Diese Episoden sind bekannt für ihre abstrakte Darstellung und ihren philosophischen Unterton.

Insgesamt bietet "Neon Genesis Evangelion" eine dichte und vielschichtige Erzählung, die sowohl actionreiche Kämpfe als auch tiefgreifende psychologische und philosophische Reflexionen vereint. Die Serie hat durch ihre komplexen Charaktere und ihre ambitionierte Erzählweise einen bleibenden Einfluss auf das Genre des Mecha-Anime und darüber hinaus.