Makoto Mizuhara ist ein siebzehnjähriger Oberschüler der Shinonome-Oberschule und der Protagonist von El Hazard: The Alternative World. Er ist wissenschaftlich begabt, zeigt gute Leistungen in akademischen und sportlichen Bereichen und ist bei seinen Mitschülern allgemein beliebt. Zu Beginn der Serie wird er nach der Hochzeit seines Lehrers Masamichi Fujisawa aus der Welt von El Hazard in eine andere alternative Realität namens Creteria versetzt. Diese neue Welt ist ein militantes und chaotisches Umfeld, und Makoto konzentriert sich darauf, einen Weg für sich und seine Begleiter zu finden, um nach Hause zurückzukehren.

Makoto zeichnet sich durch sein gutherziges und entschlossenes Wesen aus. Er ist vernünftig und mutig und setzt sich oft selbst Risiken aus, um andere zu beschützen. Obwohl er etwas naiv sein kann und nicht gut mit Finanzen umgehen kann, machen ihn seine Intelligenz und Problemlösungsfähigkeiten zu einer verlässlichen Figur in Krisen. Seine Hauptmotivation ist es, die Sicherheit seiner Freunde zu gewährleisten und einen Weg zurück in seine eigene Welt zu finden, obwohl er auch tief in die Konflikte der Welten, die er besucht, verwickelt wird.

In El Hazard: The Alternative World entwickelt Makoto weiterhin seine einzigartige Fähigkeit, alte El-Hazard-Technologie durch Berührung zu spüren, zu aktivieren und zu bedienen. Diese Kraft ermöglicht es ihm, fortschrittliche Maschinen und Artefakte zu verstehen und zu bedienen, was sich als entscheidend erweist, um die Gefahren der neuen Welt zu meistern. Er teilt eine starke romantische Verbindung mit Prinzessin Rune Venus von Roshtaria, und seine Gefühle für sie sind ein zentraler emotionaler Faden. Er pflegt auch eine komplexe Bindung zu dem androidenartigen Wesen Ifurita, das ihn auf seine erste Reise schickte und mit dem ihn eine Verbindung verbindet, die die Zeit überdauert. Seine Rivalität mit Katsuhiko Jinnai besteht fort, da Jinnai sich ihm weiterhin widersetzt und sich mit Kräften verbündet, die den Frieden bedrohen. Weitere wichtige Beziehungen umfassen seine Freundschaft mit Nanami Jinnai, die unausgesprochene Gefühle für ihn hegt, und seinen Respekt für seinen Lehrer Fujisawa. Im Laufe der Serie entwickelt sich Makoto von einem gewöhnlichen Schüler zu einem fähigen Helden, der bereitwillig große persönliche Risiken eingeht, um diejenigen zu beschützen, die ihm am Herzen liegen, und das Gleichgewicht zwischen den Welten zu bewahren.