Misao Makimachi ist eine jugendliche Kunoichi, also eine weibliche Ninja, und das jüngste Mitglied der Oniwabanshū, einem Clan von Onmitsu mit Sitz in Kyoto. Sie ist sechzehn Jahre alt, als sie zum ersten Mal auftaucht, obwohl sie jünger aussieht. Sie ist die Enkelin des ehemaligen Okashira, also Anführers, der Oniwabanshū. Ab ihrem achten Lebensjahr wurde sie von Shinomori Aoshi aufgezogen, bis er und mehrere andere Mitglieder sie in die Obhut von Kashiwazaki Nenji, bekannt als Okina, dem älteren Wächter des Clans, gaben. Sie verbindet eine starke Bindung mit Okina, betrachtet Aoshi jedoch weiterhin als den Besten. Sie hegt auch eine besondere Zuneigung zu Han'nya, der ihr das Kämpfen beibrachte.

Misao ist aufgeweckt, energiegeladen und oft impulsiv. Sie wird häufig mit einem Wiesel verglichen, aufgrund ihrer schnellen Bewegungen und ihres lebhaften Wesens. Sie kann eigensinnig sein und spricht ihre Meinung ohne Zögern aus. Unter ihrer lebhaften Fassade ist sie zutiefst loyal, mitfühlend und beschützt ihre Freunde und ihren Clan leidenschaftlich. Ihre Hauptmotivation ist ihre Bewunderung und romantischen Gefühle für Shinomori Aoshi. Sie verlässt Kyoto, um nach ihm zu suchen, nachdem sie erfährt, dass er in Tokio ist, und trifft stattdessen während ihrer Reise auf Himura Kenshin. Sie reist mit Kenshin zurück nach Kyoto, in der Hoffnung, dass er sie zu Aoshi führt.

In der Geschichte dient Misao als wichtige Verbündete während des Kyoto-Arcs, der eine düstere Wendung in der Erzählung nimmt. Sie wird eine enge Freundin von Kenshin, Kamiya Kaoru und Myōjin Yahiko und hilft ihnen, gegen die Agenten von Makoto Shishio zu kämpfen. Nachdem sie erfährt, dass Aoshi versucht hat, Okina zu töten, kämpft Misao darum, die Veränderung in dem Mann zu akzeptieren, den sie einst verehrte. Sie erklärt sich selbst zur neuen Okashira der Oniwabanshū und weigert sich, Aoshi weiterhin als Anführer des Clans anzuerkennen. Kenshin verspricht, Aoshi zu ihr zurückzubringen, ein Gelübde, das sie tief bewegt. Später erweist sie sich als fähige und entschlossene Anführerin.

Misaos wichtigste Beziehungen sind von Loyalität geprägt. Sie bewundert Aoshi über alle anderen, obwohl ihre Bindung durch seine Handlungen belastet wird. Sie teilt eine väterliche Verbindung mit Okina, der ein beständiger Führer bleibt. Sie wird eine enge Begleiterin von Kenshin, den sie als eine Art Mentor betrachtet, und schließt eine starke Freundschaft mit Kaoru und Yahiko. Ihre Beziehung zu Han'nya ist besonders prägend, da er ihr Betreuer und Kampfausbilder war.

Im Laufe der Geschichte reift Misao von einem impulsiven Mädchen zu einer nachdenklicheren und strategischeren Kämpferin. Während sie ihren lebhaften Geist behält, lernt sie, ihre Emotionen zu zügeln und mehr Verantwortung zu übernehmen, einschließlich der Übernahme der Führungsrolle für die Oniwabanshū, wenn der Clan sie braucht.

Als Kunoichi ist Misao in Heimlichkeit, Beweglichkeit und Nahkampf ausgebildet. Ihre Hauptwaffe ist das Kunai, und sie verwendet auch Shuriken. Sie ist für ihr Alter eine geschickte Kämpferin, die in der Lage ist, mehrere Gegner zu besiegen und im Kampf neben erfahreneren Kriegern effektiv beizutragen. Ihre Bewegungen sind schnell und wendig, was ihre Ninja-Ausbildung widerspiegelt, und sie nutzt ihre geringe Statur zu ihrem Vorteil im Kampf.