Makoto Shishio ist der Hauptantagonist des Kyoto-Arcs in Rurouni Kenshin. Ursprünglich war er ein Hitokiri, also ein Auftragsmörder, der während der Bakumatsu-Zeit als Nachfolger von Himura Kenshin diente und Feinde der Ishin Shishi eliminierte. Anders als Kenshin hegte Shishio eine gefährliche Machtgier, die die neue Meiji-Regierung fürchtete. Um ihn zu beseitigen, schoss man ihm in den Kopf, übergoss ihn mit Öl und verbrannte ihn während des Boshin-Krieges bei lebendigem Leib. Auf wundersame Weise überlebte Shishio, doch sein gesamter Körper war durch die Verbrennungen schwer entstellt. Die Poren seiner Haut wurden zerstört, was zu einer ungewöhnlich hohen Körpertemperatur führte, die ihn zwang, ständig Bandagen zu tragen und die Dauer seiner Kämpfe auf etwa 15 Minuten zu begrenzen.

Shishios Persönlichkeit ist rücksichtslos, kalt und berechnend. Er vertritt eine Philosophie des Sozialdarwinismus, die er mit den Worten „die Starken fressen die Schwachen“ zusammenfasst. Er glaubt, dass nur die Mächtigen das Recht zu herrschen haben und dass die Meiji-Regierung schwach und unfähig ist, Japan zu führen. Obwohl er von dieser Regierung verraten und beinahe getötet wurde, behauptet er, keinen persönlichen Groll zu hegen; seine Motivation ist nicht Rache, sondern die Errichtung einer neuen Ordnung, in der er als der Stärkste dominieren wird. Er betrachtet Menschen in erster Linie als Werkzeuge, die seinen Zwecken dienen, eine Eigenschaft, die sich sogar auf seine engsten Verbündeten erstreckt. Dennoch ist er ein Mann seines Wortes; er hielt ein Versprechen gegenüber seinem Untergebenen Sadojima Hōji, dass Hōji an seiner Seite den Sieg erleben würde, selbst im Jenseits.

Shishios Rolle in der Geschichte ist zentral für den Kyoto-Arc. Nach einem Jahrzehnt des Wiederaufbaus stellt er eine Gruppe von Elitekämpfern zusammen, die Juppongatana (Zehn Schwerter), und errichtet eine Festung auf dem Berg Hiei. Er plant, die Meiji-Regierung zu stürzen und die Kontrolle über Japan zu übernehmen, mit der Absicht, die Wirtschaft des Landes durch Erdöl zu stärken. Die Regierung, die ihn nicht direkt aufhalten kann, wendet sich an Kenshin und den ehemaligen Shinsengumi-Kapitän Saito Hajime, um Shishio entgegenzutreten. Der daraus resultierende Konflikt treibt einen Großteil des Arcs voran und gipfelt in einem letzten Kampf zwischen Shishio und Kenshin an Bord eines brennenden Kriegsschiffs.

Wichtige Beziehungen prägen Shishios Interaktionen. Sein vertrautester Untergebener ist Seta Sōjirō, ein außergewöhnlicher Schwertkämpfer, der als seine rechte Hand dient. Shishio fungiert als Mentor für Sōjirō und prägt dessen Ideologie so vollständig, dass Sōjirō nicht selbst denkt, sondern einfach Shishios Willen folgt. Seine Geliebte ist Komagata Yumi, eine ehemalige Geisha, die sich ihm widmet. Shishio zeigt ihr gegenüber wenig offene Zuneigung, doch Yumi wählt freiwillig den Tod an seiner Seite und folgt ihm in die Hölle. Seine feindselige Beziehung zu Kenshin gründet in ihrer gemeinsamen Vergangenheit als Hitokiri, obwohl ihre Philosophien gegensätzlich sind: Kenshin sucht Sühne und Frieden, während Shishio Macht und Chaos umarmt.

Shishios Entwicklung ist weitgehend statisch; er durchläuft keine moralische Veränderung. Stattdessen offenbart sein Arc das Ausmaß seines Ehrgeizes und den fatalen Fehler seines physischen Zustands. In seiner letzten Konfrontation überhitzt sein Körper über sein Limit hinaus, was dazu führt, dass er spontan verbrennt. Selbst im Tod stellt er sich vor, wie er aufsteigt, um die Hölle zu erobern, mit Yumi an seiner Seite.

In Bezug auf Fähigkeiten ist Shishio ein außergewöhnlich geschickter Schwertkämpfer, der von vielen als Kenshins ebenbürtig oder in roher Kraft überlegen angesehen wird. Er führt ein einzigartiges Schwert mit einer gezackten Klinge und entwickelt einen spezialisierten Kampfstil, der Feuer nutzt. Zu seinen Techniken gehören Homura Dama (Feuergeist), bei dem er sein Schwert entzündet, indem es mit dem Fett seiner getöteten Feinde getränkt und durch Reibung entzündet wird; Guren Kaina (Roter Lotus-Handgelenk), das Schießpulver aus seinem Handschuh nutzt, um einen explosiven Angriff zu erzeugen; und Kaguzuchi (Feuer hervorbringender Geistergott), sein mächtigster Move, der einen Flammentornado erzeugt. Sein physischer Zustand zwingt ihn jedoch dazu, jeden Kampf schnell zu führen, da sein eigener Körper ihn verraten wird, wenn er zu lange kämpft.