Ash Ketchum trifft mit Misty und Brock in Arborville in Johto ein. In der Nähe eines Flussufers erspähen sie das legendäre Suicune. Ash kontaktiert Professor Eich, der eine frühere Begegnung mit Suicune bestätigt, bevor die Verbindung abbricht. Der Einheimische Mr. White führt sie in einen Wald, wo sie Towa und ihre Enkelin Diana treffen. Towa warnt vor der „Stimme des Waldes“, die sich als Celebi entpuppt. Ein Junge namens Sammy und das verletzte Celebi tauchen dann aus einem Zeitportal auf. Während Celebi sich versteckt, kämpft Sammy damit, 40 Jahre in die Zukunft gereist zu sein. Ash, Sammy, Misty und Brock finden das verletzte Celebi und beschließen, es zum heilenden Lebenssee zu bringen. Geleitet von wilden Pokémon erreichen sie den See, wo Celebi sich erholt. Ash freundet sich mit Sammy an und hofft, dass dieser in seine eigene Zeit zurückkehren kann. Am nächsten Tag greift der abtrünnige Team-Rocket-Agent Eisenmasken-Bandit an. Mit einem Dark Ball fängt er Celebi ein, manipuliert seine Kräfte und hüllt es in eine drachenartige Rüstung, die aus dem Wald geformt wird. Er enthüllt seinen Plan, Giovanni zu stürzen und die Welt zu beherrschen, und bekämpft Ash, seine Freunde und Suicune. Ash, Sammy und Pikachu dringen in Celebis Rüstung ein und drängen es, Widerstand zu leisten. Celebi befreit sich aus der Korruption des Dark Balls, bricht aber zusammen und stirbt, als es das Ufer des Sees erreicht. Suicune versucht, den See zu reinigen, um Celebi wiederzubeleben, scheitert jedoch. Daraufhin erscheinen mehrere Celebi aus verschiedenen Zeiten und beleben ihr Artgenossen gemeinsam wieder. Der Bandit versucht, das wiederbelebte Celebi zu entführen, aber Ash und Pikachu greifen ein, retten es, während der Bandit in der Nähe abstürzt. Celebi bringt Sammy in seine ursprüngliche Zeit zurück; Sammy verspricht Ash, dass sie sich wieder treffen werden. Später, als Ash Professor Eich von dem Abenteuer erzählt, wird er traurig über Sammys Abschied. Eich versichert ihm, dass Freundschaften die Zeit überdauern. Nach dem Gespräch bemerken Ash und seine Begleiter, dass sie Eich nie Sammys Namen genannt haben. In seinem Labor betrachtet Eich ein Skizzenbuch, das enthüllt, dass er der erwachsene Sammy ist. Tracey verstaut das Skizzenbuch später und bewahrt dieses Geheimnis.