In der Rurouni Kenshin-Serie ist Hajime Saitō ein ehemaliger Kapitän der dritten Einheit der Shinsengumi, einer pro-Shogunat-Sonderpolizei, die während der Bakumatsu-Zeit aktiv war. Nach der Niederlage der Shogunatstruppen und der anschließenden Meiji-Restauration taucht er unter und erscheint später unter dem Alias Fujita Gorō wieder, wo er als Spion und Polizist für die neue Meiji-Regierung arbeitet. Sein Charakter wird durch den Shinsengumi-Kodex Aku Soku Zan definiert, was mit Schneller Tod dem Bösen übersetzt wird. Diese Philosophie ist seine Hauptmotivation, die ihn dazu treibt, jeden, den er als korrupt, despotisch oder als Bedrohung für den Frieden und die Ordnung der neuen Ära erachtet, gnadenlos zu beseitigen, selbst wenn diese Gesellschaft von seinen ehemaligen Feinden aufgebaut wurde. Er wird als morbide, arrogant und mit wenig Mitgefühl für seine Gegner dargestellt, doch diese Eigenschaften werden durch seine Fähigkeiten als hervorragender Ermittler, schneller Analytiker und gefürchteter Kämpfer ausgeglichen.

Saitōs bedeutendste Beziehung ist seine langjährige Rivalität mit dem Protagonisten der Serie, Himura Kenshin, einem ehemaligen Attentäter für die imperialistische Sache. Ihre Geschichte ungelöster Duelle aus der Bakumatsu-Zeit setzt sich in der Meiji-Ära fort, wo ihr unbehagliches Bündnis einen Kernbestandteil der Handlung bildet. Obwohl er sich mit Kenshin verbündet, um größeren Bedrohungen wie dem Revolutionär Shishio Makoto entgegenzutreten, betrachtet Saitō den ehemaligen Mörder nie als Verbündeten, sondern sieht ihn stattdessen als Gegner, dessen Schwur, nie wieder zu töten, er als schwach und verachtenswert empfindet. Nachdem Kenshin seine Entschlossenheit unter Beweis gestellt hat, beschließt Saitō, ihre persönliche Rivalität zu beenden, behält jedoch aus pragmatischen Gründen eine Arbeitsbeziehung mit ihm für die Missionen der Regierung bei. Andere wichtige Beziehungen umfassen seine unsichtbare Ehefrau Tokio, mit der er verheiratet ist, und einen kurzen, aber bemerkenswerten Faustkampf mit dem Raufbold Sagara Sanosuke, den er mit Leichtigkeit besiegt und dabei seine physische Stärke und sein Können im Nahkampf unter Beweis stellt.

Als Kämpfer ist Saitō außergewöhnlich mächtig. Seine Signaturtechnik ist der Gatotsu, ein einzigartiger und tödlicher Linkshänderstoß, der vom Hirazuki-Stil der Shinsengumi abgeleitet ist. Er hat mehrere Variationen dieses einzelnen Angriffs gemeistert, darunter einen standardmäßigen Schulterhöhenstoß (Ishiki), einen Abwärtsschlag (Nishiki), einen Aufwärtsschlag (Sanshiki) und den Nahkampf-Zero-Stand (Zeroshiki), der immense Oberkörperkraft erfordert. Obwohl er sich stark auf eine Technik verlässt, machen ihre vielfältigen Anwendungen sowie die reine Geschwindigkeit und Kraft dahinter sie zu einer gefürchteten Waffe. Die Bewegung des Gatotsu kann sogar ohne Schwert, nur mit seinen bloßen Händen, ausgeführt werden. Neben dem Schwertkampf ist Saitō auch im waffenlosen Kampf sehr versiert und verwendet einen Kampfstil, der dem Boxen mit ausgezeichnetem Fußwerk, Geschwindigkeit und defensiven Fähigkeiten ähnelt. Er ist zudem ein äußerst analytischer Kämpfer, der schnell die Schwächen eines Gegners ausnutzen kann, was ihn zu einem tödlichen und effizienten Agenten für die Meiji-Regierung macht.