Im Frühjahr 1614 sieht sich der pensionierte Shogun Tokugawa Ieyasu einem Erbstreit zwischen seinen Enkeln Takechiyo und Kunichiyo gegenüber. Um die Angelegenheit zu regeln, belebt er die uralte Feindschaft zwischen zwei rivalisierenden Ninja-Clans wieder, den Kouga von Manjidani und den Iga von Tsubagakure, die seit vier Jahrhunderten im Krieg liegen. Der Nichtangriffspakt der Clans wird aufgehoben, und jeder muss zehn Elite-Ninja auswählen, die bis zum Tod kämpfen. Eine Schriftrolle mit den Namen aller zwanzig Kämpfer wird jedem Clan übergeben; die Seite, die bis zum letzten Tag des Mai mit der Schriftrolle und den meisten Überlebenden zur Burg Sunpu zurückkehrt, wird ihren auserwählten Enkel zum nächsten Shogun erklären lassen. Durch einen zufälligen Wurf der Schriftrollen vertreten die Kouga Kunichiyo und die Iga Takechiyo.

Beide Clans wurden durch Generationen selektiver Zucht geprägt, die ihren Mitgliedern außergewöhnliche, aber oft groteske Fähigkeiten verliehen hat. Die Kouga werden von dem alten Danjou und seinem Enkel Gennosuke angeführt, dessen Basiliskenaugen jede Gewalt des Angreifers auf diesen selbst zurückwerfen. Weitere Kouga-Kämpfer sind der arm- und beinlose Prophet Jimushi Juubei, der einen versteckten Speer spuckt; der spinnenartige Kazamachi Shougen, der Netze webt und klebrige Geschosse abfeuert; der chamäleonartige Kasumi Gyoubu, der mit jeder Oberfläche verschmilzt; der gummikörperige Udono Jousuke; der gestaltwandelnde Meister der Verkleidung Kisaragi Saemon; der blinde Nachtsichtige Muroga Hyouma; die giftausatmende Kagerou, die Gennosuke liebt; und die blutsaugende Okoi.

Die Iga werden von der Matriarchin Ogen und ihrer Enkelin Oboro angeführt, deren okkulte Augen jede Ninja-Technik zunichtemachen können. Zu ihren Reihen gehören der unsterbliche und manipulative Yakushiji Tenzen; der peitschenkämpfende Yashamaru; der gliedmaßenstreckende Azuki Rousai; der wirbelwinderzeugende Chikuma Koshirou; der haarbeherrschende Mino Nenki; die insektenbeschwörende Hotarubi; die blutnebelnde Akeginu; und der flüssigkörperige Amayo Jingorou, der sich in einen ätzenden Schleim auflöst.

Im Herzen der Tragödie steht die Liebe zwischen Gennosuke und Oboro, den Erben ihrer jeweiligen Clans. Sie waren mit der Hoffnung verlobt worden, die Jahrhunderte des Blutvergießens zu beenden und die genetischen Schäden durch Inzucht rückgängig zu machen. Nun, gezwungen in einen Konflikt, den keiner von ihnen will, müssen sie zwischen ihren Gefühlen und ihrer Pflicht gegenüber ihren Clans wählen. Während die zehn Kouga- und zehn Iga-Ninja einander durch die Berge, Wälder und Dörfer des feudalen Japans verfolgen, zeichnet der Roman jedes Duell und Attentat nach, wobei die Kämpfer ihre bizarren und tödlichen Ninja-Künste einsetzen, um einander einen nach dem anderen auszuschalten. Das Schlachtfeld wird zu einem düsteren Wettlauf darum, wer als Letzter am Leben bleibt, und die unglücklichen Liebenden werden letztlich zu einer finalen Konfrontation getrieben, die sie zwingt, sich ihrer Liebe, ihrer Loyalität und der grausamen Hand des Schicksals zu stellen.