Kisaragi Honey, die verwöhnte Tochter eines wohlhabenden Unternehmenspräsidenten, sieht ihr luxuriöses Leben über Nacht zerbrechen, als Schuldeneintreiber sie in plötzliche Armut stürzen. Diese Wendung des Schicksals bereitet den Boden für ihre wahre Identität, denn sie ist keine gewöhnliche Erbin, sondern ein Android, geschaffen von ihrem verstorbenen Vater mithilfe des experimentellen Airborne Element Fixing Device. Bekannt als Kriegerin der Liebe und Gerechtigkeit, Cutie Honey, nimmt sie den letzten Wunsch ihres Vaters auf, das Böse zu bekämpfen, während sie sich nun in einer viel härteren Welt zurechtfinden muss.

Die Serie spielt in einem zeitgenössischen japanischen Umfeld, wobei ein Großteil der Handlung im modernen Büroumfeld verwurzelt ist. Honey findet sich bei Kisaragi Technology wieder, dem einst von ihrem Vater geführten Unternehmen, das nun von einer skrupellosen CEO namens Kuroo Hyoko übernommen wurde. Hyoko ist nicht nur eine Unternehmensräuberin, sondern eine Schurkin mit größeren Ambitionen der Weltherrschaft, was sie zu Honeys größtem und persönlichsten Feind macht. Um sich zu wehren, nutzt Honey ihre Fähigkeit, sich mit ihrem ikonischen Ruf Honey Flash in verschiedene Berufsrollen zu verwandeln, wobei sie über zehn verschiedene Kostüme annimmt, die von einer professionellen Wrestlerin bis zu einer charismatischen Moderatorin reichen, während sie das Böse in verschiedenen Gestalten bekämpft.

Während Honey sich in der Unternehmenswelt untercover bewegt, wird sie von einem kleinen Kreis von Verbündeten unterstützt. Ihre beste Freundin, Natsuko Aki, arbeitet neben ihr bei Kisaragi Technology und fungiert als lebenswichtige Stütze innerhalb des feindseligen Unternehmens. Heimlich werden sie auch von Seiji Hayami unterstützt, einem mysteriösen Zeitungsreporter, der Honey aus dem Hintergrund hilft. Ihre täglichen Kämpfe werden durch den tyrannischen Vertriebsmanager Miharu Tsuneni verschärft, der Honey und Natsuko mit unerbittlicher Machtbelästigung quält, was das Engagement der Serie für moderne soziale Themen widerspiegelt. Die Handlungsbogen folgt Honey, während sie ihren Auftrag, den Willen ihres Vaters auszuführen, gegen die Machenschaften von Kuroo Hyoko abwägt, was in einem Konflikt zwischen der Kriegerin der Liebe und einer mächtigen Feindin gipfelt, die alles an sich gerissen hat, was einst ihr gehörte.