Die Geschichte entfaltet sich während einer schwülheißen Sommerpause an einer Ninjutsu-Akademie in einer kriegszerrütteten Version des historischen Japans. Die jungen Schüler der Erstklässler-Ha-Klasse – der energiegeladene und gutherzige Rantaro, der geldliebende und schlaue Kirimaru sowie der starke, aber einfältige Shinbei – haben ihre gesamten Ferien am Fluss verbracht, ohne auch nur einen Gedanken an ihre drohenden Sommerhausaufgaben zu verschwenden. Gerade als die Panik über ihre unerledigten Arbeiten einsetzt, bricht eine Krise aus. Eine legendäre Klinge namens Gokurakumaru, auch Himmelsschwert genannt, die ihrem Träger die Macht verleihen soll, die Welt zu erobern, wird dem Meisterschmied Rokusai Tsujikando gestohlen. Die Diebin ist Kirara Takaoru von der木耳-Burg, die das Schwert schnell dem ruchlosen Hieda Hachizosai, dem Anführer des rivalisierenden Dokutake-Ninja-Clans, übergibt, der plant, dessen Macht zu nutzen, um die Ninjutsu-Akademie zu zerstören.

In der Gelegenheit sowohl eine Lehrstunde als auch Verteidigung zu sehen, beauftragt der exzentrische Schulleiter Rantaro, Kirimaru und Shinbei damit, in die Dokutake-Burg einzudringen und das gestohlene Schwert zurückzuholen. Als unwiderstehlichen Anreiz verspricht er, dass sie, wenn sie diese gefährliche Mission erfolgreich abschließen, alle Antworten auf ihre Sommerhausaufgaben erhalten. Begleitet von ihrem strengen, aber fürsorglichen Lehrer Doi Hansuke und dem erfahrenen Oberstufenschüler Takamaru, begeben sich die drei jungen Ninja auf ihre erste echte Mission. Ihre Reise ist voller komischer Fallen, erbitterter Rivalen-Ninjas und der Erkenntnis, dass sie nicht die Einzigen sind, die nach der Klinge suchen, da andere Clans und Einzelgänger um die Macht manövrieren.

Der Handlungsbogen folgt dem Trio von einem Zustand kindlicher Panik über Schularbeiten bis hin zu einem echten Test ihrer Fähigkeiten und ihres Mutes. Sie müssen die tückischen Verteidigungsanlagen der Dokutake-Burg überwinden, nur um zu entdecken, dass das Schwert, das sie bergen, eine Fälschung ist, was das Geheimnis vertieft. Die Mission zwingt sie, sich auf ihre einzigartigen und oft unorthodoxen Fähigkeiten zu verlassen. Während das Schicksal der Akademie und möglicherweise der Nation auf dem Spiel steht, bleibt das persönliche Ziel, ihre Sommerklasse zu bestehen, eine ebenso dringende und charmante Motivation für die jungen Protagonisten. Der Höhepunkt sieht sie, wie sie Hachizosai und seine Truppen in einem finalen, chaotischen Kampf konfrontieren, um den echten Gokurakumaru zu sichern und ihre Schule vor der Zerstörung zu bewahren.