Die böse Organisation DARK, angeführt vom finsteren Professor Gill, strebt nach Weltherrschaft. Um seine Armee aus Monster-Androiden namens Destruktroide aufzubauen, zwingt Gill den brillanten Robotikexperten Dr. Komyoji, für ihn als Gefangener zu arbeiten. Heimlich erschafft Dr. Komyoji einen speziellen Androiden, um gegen DARK zu kämpfen und seine beiden Kinder Mitsuko und Masaru zu beschützen. Dieser Android ist Jiro, ein mechanischer Mann, der sich in den mächtigen rot-blauen Superhelden Kikaider verwandeln kann.

Die Serie beginnt mit einem massiven Feuerausbruch in der Basis von DARK. Jiro gelingt es, Mitsuko zu retten, doch Dr. Komyoji wird von seinen Kindern getrennt und verschwindet, an Amnesie leidend. Jiro zerstört das erste Destruktroid, Gray Rhino King, und widmet sich dann dem Schutz von Mitsuko und Masaru sowie der Suche nach ihrem verlorenen Vater. Das Trio wird oft von Hanpei Hattori unterstützt, einem tollpatschigen aber gutherzigen Privatdetektiv, der für komische Entlastung sorgt.

Der mittlere Teil der Serie folgt größtenteils einer episodischen Formel. DARK setzt in jeder Folge ein neues Destruktroid frei, um einen spezifischen Plan auszuführen, von der Übernahme eines Damms bis zur Terrorisierung eines Vergnügungsparks. Jiro, als Kikaider, konfrontiert das Monster und gewinnt typischerweise mit seinem Finalangriff, dem Denji Endo (Elektro-End). Ein großes Hindernis für Jiro ist sein unvollständiges Gewissensschaltkreis. Professor Gill nutzt eine hypnotische Flöte, deren Klang Jiro starke Schmerzen verursacht und ihn sogar daran hindern kann, sich in Kikaider zu verwandeln, was Jiro zwingt, kreative Wege zu finden, um den Lärm auszublenden. Während dieser Zeit taucht der amnesische Dr. Komyoji als Hintergrundfigur auf und repariert Jiro gelegentlich und unwissentlich, wenn dieser beschädigt ist. Mehrere Episoden stechen durch ihre emotionale Tiefe hervor. Eine zeigt Gold Wolf, ein Destruktroid, dem Dr. Komyoji einen unvollständigen Gewissensschaltkreis gegeben hat, das Jiro mit großem Bedauern zerstören muss. Eine andere Episode, Black Spiny Anteater, präsentiert eine seltene Sicht auf Kikaider als furchterregenden Killer aus der Perspektive des Destruktroids.

Die Serie verändert sich dramatisch in ihrem letzten Handlungsbogen. Professor Gills Flötenkontrolle über Jiro erreicht einen Höhepunkt, wodurch dieser Dr. Komyoji angreift. DARK fängt dann den Doktor und schiebt Jiro seinen Mord unter. Beschädigt und unfähig zu sprechen, kann Jiro sich nicht verteidigen und wird zum Flüchtling, gejagt von der Polizei, wobei nur Mitsuko an seine Unschuld glaubt. Zu diesem Zeitpunkt erscheint ein neuer, mächtigerer Android: Hakaider. Er ist Dr. Komyojis ultimative Schöpfung, aber er ist ein Cyborg, unter Zwang gebaut und enthält das eigene Gehirn des Doktors unter der Kontrolle einer bösen Schaltung, was ihn zum dunklen Spiegelbild Kikaiders macht. Hakaider kämpft gegen Kikaider, muss sich aber zurückziehen, da er regelmäßige Bluttransfusionen aus Dr. Komyojis Körper benötigt. Hakaider nimmt die menschliche Gestalt von Saburo an und präsentiert sich Masaru als ein neuer Bruder-Android, geschaffen, um den nun angeblich bösen Jiro zu stoppen.

Der Höhepunkt sieht Jiro, der vom Destruktroid Red Mine Toad zerstört wird. Hanpei sammelt die Teile seines Körpers und übergibt sie Mitsuko. Vom Verlust seines einzigen Daseinszwecks wahnsinnig geworden, wendet sich Hakaider gegen DARK und zerstört Red Mine Toad. Er findet dann den teilweise wieder zusammengesetzten Jiro, weigert sich aber, einen hilflosen Gegner zu bekämpfen, und erlaubt Mitsuko, ihn fertig zu reparieren. In den letzten drei Episoden lockt ein wiederaufgebauter, aber immer noch fehlerhafter Jiro Hakaider von Dr. Komyojis Kindern weg. Professor Gill sendet sein letztes Destruktroid, White Bone Flying Squirrel, um Hakaider zu zerstören. Nachdem Hakaider die Schlacht verliert, bringt Jiro seinen Körper zu Mitsuko, die erfolgreich Dr. Komyojis Gehirn in seinen ursprünglichen Körper zurückversetzt. Der genesene Dr. Komyoji repariert Jiros Transformationsschaltung, und Kikaider zerstört das letzte Destruktroid. Professor Gill zerstört sich selbst und die DARK-Basis, anstatt gefangen genommen zu werden. Dr. Komyoji verlässt Japan mit seinen Kindern, während Jiro sich entscheidet, zurückzubleiben, um seine Reise der Selbstverbesserung fortzusetzen.

Es ist anzumerken, dass Tobidasu Jinzō Ningen Kikaidā der Titel eines theatralischen 3-D-Films ist, der am 17. März 1973 während der ursprünglichen Ausstrahlung der Serie veröffentlicht wurde. Der 33-minütige Film zeigt eine eigenständige Geschichte, in der Professor Gill eine Maschine benutzt, um alle zuvor von Kikaider zerstörten Destruktroide wiederzubeleben, was den Helden zwingt, erneut gegen sie zu kämpfen. Während der Titel oft mit diesem Film in Verbindung gebracht wird, wird er manchmal auch verwendet, um sich auf die ursprüngliche Fernsehserie von 1972 zu beziehen.