Ein brillanter Universitätsstudent namens Takeshi Hongo wird von der Terrororganisation Shocker entführt und zwangsweise in einen mächtigen Cyborg-Soldaten namens Hopper verwandelt. Anders als in der Originalgeschichte durchläuft Hongo eine vollständige mentale Konditionierung und dient Shocker zunächst loyal. Die Organisation befiehlt ihm, zwei Zeugen zu beseitigen, die ihre Operationen beobachtet haben: eine Journalistin namens Asuka Midorikawa und ihren Verlobten Katsuhiko Yano. Während des Angriffs taucht Hongos unterdrückte Menschlichkeit wieder auf, als er fallenden Schnee sieht, doch Yano wird von einem anderen Shocker-Soldaten, Spider, getötet. Asuka entdeckt Hongo neben der Leiche ihres Verlobten und macht ihn für den Mord verantwortlich, was zu einer konfliktreichen Verfolgung des Mannes führt, den sie einst kannte.

Hongo, nun ein Verräter für Shocker, erhält Unterstützung vom Motorradladenbesitzer Tobei Tachibana, der ihm die Cyclone-Maschine zur Verfügung stellt. Nachdem er Spider besiegt hat, erblickt Hongo einen schockierenden Anblick: Asuka wird nun von einem Mann namens Hayato Ichimonji begleitet, der dem Ebenbild ihres verstorbenen Verlobten gleicht. Ohne Asukas Wissen wurde Yanos Leiche von Shocker geborgen und als zweiter Hopper wiederaufgebaut, programmiert, um das Original zu zerstören. Während Ichimonji Hongo jagt, enthüllt eine separate Erzählstrang, dass zwei todkranke Krankenhauspatienten, Haruhiko Mitamura und Miyoko Harada, von Shocker eine Lebenschance erhielten und in die Ungeheuer Cobra und Schlange verwandelt wurden.

Als das Fledermaus-Ungeheuer versucht, Asuka zur Konvertierung zu entführen, überwiegen Ichimonjis Gefühle für sie seine Konditionierung, was ihn dazu bringt, sich gegen Shocker zu wenden. Die beiden Rider vereinen sich auf Shockers Inselbasis und besiegen Fledermaus, Cobra und Schlange. Obwohl Dr. Shinigami und die anderen Shocker-Führungskräfte entkommen, um neue Pläne zu schmieden, nehmen Hongo und Ichimonji ihre Rollen als Kamen Riders vollständig an und schwören, die Organisation ein für alle Mal zu zerstören. Der Film interpretiert den klassischen Ursprung mit dunkleren Themen wie Identität, Erinnerung und tragischer Romanze neu, vor der Kulisse einer zeitgenössischen japanischen Stadtlandschaft und der versteckten Inselanlage von Shocker.