Ein ehemaliger Scharfrichter des Shogun, Ogami Itto, der in Ungnade gefallen ist, wandert mit seinem kleinen Sohn Daigoro durch das feudale Japan. Daigoro wird in einem Kinderwagen geschoben, der ein Arsenal an Waffen verbirgt. Da sie den Dämonenweg des Meifumado gewählt haben, überleben sie als bezahlte Attentäter, während sie Rache am Yagyu-Clan suchen, der Ittos Frau ermordet und ihn des Verrats bezichtigt hat.

Im zweiten Kapitel ihrer Reise nimmt Itto einen Auftrag von einem Clan von Indigofärbern an. Ein verräterischer Clanbeamter plant, ihr geheimes Färbeverfahren an das Shogunat zu verkaufen, was den Clan ruinieren würde. Daher wird Itto angeheuert, um sicherzustellen, dass der Mann niemals die Hauptstadt Edo erreicht. Der Überläufer reist jedoch unter dem Schutz von drei gefürchteten Kriegern, bekannt als die Götter des Todes: die Hidari-Brüder, jeder ein Meister einer einzigartigen und brutalen Waffe.

Gleichzeitig setzt der Schatten-Yagyu-Clan eine neue Waffe gegen den einsamen Wolf ein. Sie schicken Sayaka, die Anführerin ihres Elitekorps weiblicher Ninja-Attentäterinnen, um Itto und seinen Sohn zu eliminieren. Sayakas Truppen greifen unerbittlich an, verkleiden sich als Akrobaten, Straßenkünstler und sogar als Bauern und zwingen Itto zu einer Reihe gewalttätiger Auseinandersetzungen. Obwohl im Kampf verwundet, schaltet Itto die weiblichen Ninjas eine nach der anderen aus. Der Konflikt fordert seinen Tribut, und an einem Punkt bricht Itto vor Erschöpfung zusammen, sodass der dreijährige Daigoro seinen Vater gesund pflegen muss, indem er Wasser im Mund trägt und Reiskuchen aus einem Schrein stiehlt.

Sayaka und ihre verbliebenen Spione fangen schließlich Daigoro ein und hängen ihn über einen tiefen Brunnen, um Itto zu zwingen, sein Schwert fallen zu lassen. Itto weigert sich nachzugeben, und Daigoro, der ihren düsteren Weg versteht, lässt seinen eigenen Sandalen fallen, um seinem Vater zu helfen, die Entfernung abzuschätzen. Itto rettet seinen Sohn, und Sayaka, die die unzerbrechliche Bindung zwischen Vater und Kind miterlebt, zieht sich ohne Kampf zurück.

Die Wege von Itto und den Hidari-Brüdern kreuzen sich auf einem Schiff. Als das Schiff von einem Mitglied eines rivalisierenden Clans in Brand gesetzt wird, flieht Itto mit Daigoro und dem schwimmenden Wagen ins Meer. Sayaka folgt und versucht, sie im Wasser zu töten, wird aber leicht entwaffnet. Während die drei im kalten Wasser kämpfen, reißt Itto ihre nassen Kleider ab und presst ihre Körper zur Wärme aneinander, wobei er seinen Sohn zwischen ihnen hält – eine Handlung, die Sayaka sowohl emotional als auch körperlich entwaffnet.

Die letzte Konfrontation findet auf einer weiten Sanddünenlandschaft statt. Nachdem die Hidari-Brüder eine unter dem Sand versteckte Kriegertruppe massakriert haben, steigt Itto über sie herab. In einer Reihe schneller, blutiger Schwertschläge tötet er die drei Meister des Todes nacheinander, gipfelnd in einem legendären Schnitt, der Blut in einem feinen Nebel versprüht, ein Geräusch, das als das „Heulen des Windes“ bekannt ist. Dann nähert er sich der Sänfte, die den verräterischen Beamten enthält, und beendet seinen Auftrag.

Während Itto den Wagen entlang eines Küstenpfades schiebt, spürt er, dass Sayaka ihm folgt, immer noch ein Schwert in der Hand. Er hält den Wagen an, streckt seine Klinge hinter sich aus und wartet. Nach einem langen Moment hört er das Geräusch, wie ihr Katana zu Boden fällt, und erkennt, dass sie den ehemaligen Scharfrichter des Shogun niemals besiegen kann. Ohne sich umzudrehen, setzt Itto seinen Weg mit Daigoro fort.