"Zettai Shōjo Seiiki Amnesian" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit von einer mysteriösen Krankheit bedroht wird, die als "Amnesia" bekannt ist. Diese Krankheit führt dazu, dass die Betroffenen ihre Erinnerungen verlieren und schließlich in einen vegetativen Zustand verfallen. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die in einer abgeschotteten Einrichtung namens "Seiiki" leben, einem Ort, der als letzte Zuflucht vor der Krankheit gilt. Die Einrichtung wird von einer strengen Hierarchie und Regeln kontrolliert, die das Überleben der Bewohner sichern sollen.

Die Protagonistin der Geschichte ist ein Mädchen namens Aoi, das sich als eine der wenigen Personen erweist, die gegen Amnesian immun zu sein scheint. Aoi wird in die Geheimnisse von Seiiki eingeweiht und erfährt, dass die Einrichtung nicht nur ein Schutzort ist, sondern auch ein Ort, an dem Experimente durchgeführt werden, um die Krankheit zu bekämpfen. Im Laufe der Geschichte wird Aoi mit moralischen Dilemmata konfrontiert, da sie herausfindet, dass die Experimente oft grausam und unmenschlich sind. Sie muss sich entscheiden, ob sie die Regeln von Seiiki befolgt oder gegen sie rebelliert, um die Wahrheit ans Licht zu bringen und möglicherweise eine Lösung für die Krankheit zu finden.

Neben Aoi gibt es weitere wichtige Charaktere, darunter Kaito, ein enger Freund von Aoi, der ebenfalls in Seiiki lebt und sich zunehmend gegen die Autoritäten auflehnt. Ein weiterer zentraler Charakter ist Dr. Saito, der Wissenschaftler, der die Experimente in Seiiki leitet und dessen Motive und Methoden im Laufe der Geschichte immer fragwürdiger werden. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und werden durch die harten Bedingungen in Seiiki sowie die ständige Bedrohung durch Amnesian auf die Probe gestellt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Spannung, Drama und Science-Fiction-Elementen, wobei die Charaktere immer wieder mit neuen Herausforderungen und Enthüllungen konfrontiert werden. Die Serie erforscht Themen wie die Ethik der Wissenschaft, die Natur der Erinnerung und die menschliche Widerstandsfähigkeit in extremen Situationen. Die Handlung bleibt bis zum Ende unvorhersehbar, mit zahlreichen Wendungen, die die Leser in Atem halten.