Die Manga-Serie *Rahxephon* basiert auf der gleichnamigen Anime-Serie und wurde von Takeaki Momose adaptiert. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit von einer mysteriösen Rasse namens Mu bedroht wird. Die Mu haben die Stadt Tokio durch eine Zeitblase abgeschottet, die als "Tokyo Jupiter" bekannt ist. Die Bewohner Tokios leben in dem Glauben, dass die Außenwelt zerstört wurde, während die Zeit innerhalb der Blase langsamer verläuft.

Der Protagonist, Ayato Kamina, ist ein 17-jähriger Schüler, der in Tokyo Jupiter lebt. Sein Leben ändert sich radikal, als er auf eine Gruppe von Außenstehenden trifft, die von Haruka Shitow angeführt wird. Sie enthüllt ihm die Wahrheit über die Welt außerhalb der Blase und bringt ihn dazu, sich der Organisation TERRA anzuschließen, die gegen die Mu kämpft. Ayato entdeckt, dass er der Pilot des Rahxephon ist, eines riesigen biomechanischen Wesens, das als einzige Waffe gegen die Mu dienen kann.

Im Laufe der Geschichte wird Ayato mit komplexen moralischen Dilemmata konfrontiert, da er zwischen seiner Loyalität zu den Menschen und seiner Verbindung zu den Mu, insbesondere zu einer mysteriösen Frau namens Reika Mishima, hin- und hergerissen ist. Reika spielt eine zentrale Rolle in Ayatos Leben und scheint eine tiefere Verbindung zum Rahxephon zu haben. Die Handlung erforscht Themen wie Identität, Schicksal und die Natur der Realität, während Ayato versucht, seine Rolle als "Instrumentalist" des Rahxephon zu verstehen.

Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind vielschichtig. Haruka, die Ayato aus seiner Kindheit kennt, entwickelt Gefühle für ihn, während er selbst von Reika fasziniert ist. Gleichzeitig gibt es politische Intrigen innerhalb von TERRA, die von Figuren wie Itsuki Kisaragi und Jin Kunugi vorangetrieben werden. Die Mu werden nicht als eindimensionale Feinde dargestellt, sondern als eine Rasse mit eigenen Motiven und einer komplexen Kultur.

Die Handlung gipfelt in einem Konflikt, der über die bloße physische Zerstörung hinausgeht. Ayato muss nicht nur die Mu besiegen, sondern auch die wahre Natur des Rahxephon und dessen Rolle bei der Gestaltung der Welt verstehen. Die Serie endet mit einer Auflösung, die sowohl die persönliche Reise Ayatos als auch das Schicksal der Menschheit und der Mu miteinander verknüpft.