"RahXephon" ist eine OVA, die eine komplexe und vielschichtige Handlung präsentiert, die Science-Fiction-Elemente mit mystischen und philosophischen Themen verbindet. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der die Menschheit von einer mysteriösen Rasse namens Mu bedroht wird. Die Mu, die aus einer parallelen Dimension stammen, haben die Stadt Tokio in eine abgeschottete Blase eingeschlossen, die als "Tokyo Jupiter" bekannt ist. Die Bewohner dieser Blase leben in dem Glauben, dass die Außenwelt zerstört wurde und sie die letzten Überlebenden der Menschheit sind.

Der Protagonist, Ayato Kamina, ist ein junger Schüler, der in Tokyo Jupiter lebt. Sein Leben ändert sich radikal, als er auf eine geheimnisvolle Frau namens Haruka Shitow trifft, die behauptet, aus der Außenwelt zu stammen. Ayato entdeckt, dass die Realität, in der er lebt, eine Illusion ist und dass die Welt außerhalb von Tokyo Jupiter weiterhin existiert. Er wird in einen Konflikt zwischen den Mu und der Organisation TERRA hineingezogen, die gegen die Mu kämpft. Ayato erhält die Kontrolle über einen mächtigen Mecha namens RahXephon, der eine Schlüsselrolle im Kampf gegen die Mu spielt.

Im Laufe der Geschichte wird Ayato mit zahlreichen Geheimnissen und Rätseln konfrontiert. Er erfährt, dass seine Mutter, Maya Kamina, eine zentrale Figur in den Plänen der Mu ist. Außerdem wird die Beziehung zwischen Ayato und Haruka immer komplexer, da sie eine tiefe Verbindung zu haben scheinen, die über die Zeit hinausgeht. Die Handlung erforscht Themen wie Identität, Schicksal und die Natur der Realität, während Ayato versucht, seinen Platz in der Welt zu finden und die Wahrheit über seine Vergangenheit und seine Bestimmung zu enthüllen.

Die Charaktere sind vielschichtig und tragen zur Tiefe der Handlung bei. Ayato entwickelt sich von einem naiven Jugendlichen zu einem entscheidungsstarken Protagonisten, der sich mit den Konsequenzen seiner Handlungen auseinandersetzen muss. Haruka Shitow ist eine starke und entschlossene Figur, deren Loyalität und Gefühle für Ayato im Laufe der Geschichte auf die Probe gestellt werden. Maya Kamina, Ayatos Mutter, ist eine rätselhafte und mächtige Figur, deren wahre Absichten lange Zeit im Dunkeln bleiben.

Die Handlung von "RahXephon" ist durchzogen von symbolischen Elementen und Anspielungen auf Musik und Kunst, die die Handlung bereichern und zusätzliche Bedeutungsebenen schaffen. Die OVA bietet eine dichte und anspruchsvolle Erzählung, die die Zuschauer dazu einlädt, über die dargestellten Themen nachzudenken und die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren zu entschlüsseln.