"RahXephon: Pluralitas Concentio" ist ein Anime-Film, der als komprimierte Neufassung der ursprünglichen "RahXephon"-Serie fungiert. Die Handlung spielt in einer Welt, die von einer mysteriösen Bedrohung namens Mu heimgesucht wird, einer außerirdischen Zivilisation, die die Erde angegriffen hat. Die Geschichte konzentriert sich auf Ayato Kamina, einen jungen Schüler, der in Tokio lebt, einer Stadt, die durch eine Zeitblase vom Rest der Welt abgeschirmt ist. Ayato entdeckt, dass seine Realität eine Illusion ist und dass die Welt außerhalb von Tokio seit Jahren im Krieg mit den Mu steht.

Ayato stößt auf einen riesigen Mecha namens RahXephon, der ihm die Fähigkeit verleiht, gegen die Mu zu kämpfen. Als er die Zeitblase durchbricht, trifft er auf Haruka Shitow, eine Agentin der Organisation TERRA, die gegen die Mu kämpft. Ayato erfährt, dass er selbst ein Mu-Halbblut ist und dass seine Existenz eng mit dem Schicksal der Welt verknüpft ist. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass der RahXephon nicht nur eine Waffe ist, sondern auch ein Instrument, um die Welt neu zu gestalten.

Die Handlung ist geprägt von komplexen Beziehungen und Identitätskonflikten. Ayato muss sich mit seiner wahren Natur auseinandersetzen und gleichzeitig seine Gefühle für Haruka und Reika Mishima, eine mysteriöse Frau aus seiner Vergangenheit, klären. Reika spielt eine zentrale Rolle, da sie eng mit dem RahXephon verbunden ist und als Schlüssel zur Kontrolle des Mecha fungiert. Die Geschichte entwickelt sich zu einem Kampf um die Zukunft der Menschheit, bei dem Ayato eine entscheidende Rolle spielt.

Der Film verdichtet die Handlung der Serie und konzentriert sich auf die zentralen Themen von Identität, Schicksal und der Macht der Musik, die im RahXephon eine symbolische Rolle spielt. Die Charaktere sind in einen dichten Plot eingebunden, der sowohl persönliche als auch globale Konflikte behandelt. Die Handlung endet mit einer Transformation der Welt, die durch Ayatos Entscheidungen und seine Verbindung zum RahXephon ermöglicht wird.