"Only the Flower Knows" ist eine Manga-Serie, die sich auf die Beziehung zwischen zwei männlichen Charakteren konzentriert und deren Entwicklung in einer universitären Umgebung darstellt. Die Handlung beginnt mit Rihito Sajou, einem zurückhaltenden und introvertierten Studenten, der sich oft in der Bibliothek aufhält. Er ist bekannt für seine Ernsthaftigkeit und sein Talent im Zeichnen, was ihm Respekt unter seinen Kommilitonen einbringt. Sein Leben verändert sich, als er auf den lebhaften und offenherzigen Hayato Aoyama trifft, der ebenfalls an der Universität studiert.

Hayato ist das genaue Gegenteil von Rihito: extrovertiert, selbstbewusst und oft ungestüm. Trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten entwickelt sich zwischen den beiden eine tiefe Verbindung. Hayato beginnt, Gefühle für Rihito zu entwickeln, und gesteht ihm schließlich seine Liebe. Rihito, der zunächst unsicher und verwirrt ist, beginnt, seine eigenen Emotionen zu hinterfragen und sich mit seiner Identität auseinanderzusetzen.

Die Geschichte beschreibt die Herausforderungen, die mit ihrer Beziehung einhergehen, darunter gesellschaftliche Erwartungen, persönliche Unsicherheiten und die Komplexität ihrer Gefühle. Beide Charaktere müssen lernen, mit ihren Ängsten umzugehen und Vertrauen zueinander aufzubauen. Die Handlung betont die Bedeutung von Kommunikation und gegenseitigem Verständnis, während sie die Entwicklung ihrer Beziehung von Freundschaft zu Liebe nachzeichnet.

Neben den Hauptcharakteren gibt es weitere Figuren, die die Handlung bereichern, darunter Freunde und Kommilitonen, die die Dynamik zwischen Rihito und Hayato beeinflussen. Die Serie behandelt Themen wie Selbstakzeptanz, die Suche nach Identität und die Bedeutung von emotionaler Offenheit in Beziehungen. Die Erzählung ist geprägt von emotionalen Höhen und Tiefen, die die Charaktere durchleben, während sie versuchen, ihre Gefühle füreinander zu verstehen und zu akzeptieren.