Yozora Fujimitsu schreibt sich an der North Gate National Military Academy ein, einer renommierten Einrichtung für die Kinder der Elite des Landes, und verbirgt seine wahre Identität, um nach seinem vermissten jüngeren Bruder Izumi zu suchen. Obwohl Yozora die Schönheit und Intelligenz besitzt, die die Akademie über alles schätzt, fühlt er sich sofort unwohl und fehl am Platz, überzeugt davon, dass die Schule ein bedeutendes Geheimnis birgt. Er wird mit Arisu Kagamihara zusammengelegt, einem schüchternen Schüler, der als Underachiever abgestempelt und von seinen Mitschülern gemobbt wird.

Als Yozora entschlossen ist, die verborgenen Wahrheiten der Akademie aufzudecken, wird er in einen Strudel aus Gewalt und Täuschung gezogen, der vom Wunsch angetrieben wird, die Tradition um jeden Preis zu bewahren. Die Geschichte folgt dem unwahrscheinlichen Duo Yozora und Arisu, deren Begegnung beginnt, das Schicksal der Schule und ihres Landes zu verändern. Ursprünglich der niedrigsten Klasse 9 zugehörig, wechseln die beiden schließlich in die Klasse 0, wo sich die Elite-Studenten versammeln, auf der Suche nach dem wahren Feind Kuuga Saionji, der sich in der Schule verbirgt. Dort sehen sie sich intensiven Herausforderungen durch ihre einzigartigen und hochfähigen Mitschüler gegenüber. Während sie sich Saionji nähern, begegnen sie wiederholten Störungen durch einen Feind, der sich nicht offenbart, und die ans Licht kommende Wahrheit wird als äußerst grausam beschrieben.