Eine mysteriöse Entität, bekannt als die Göttin, infiziert Menschen im Moment ihres Todes und verwandelt sie in gedankenlose, zerstörerische Kreaturen, die Helden genannt werden. Diese Wesen glauben, in einer Traumwelt Monster zu bekämpfen und den Befehlen der schönen Göttin zu folgen, doch die Monster, die sie abschlachten, sind in Wirklichkeit Mitmenschen. Die Verwandlung macht sterbende Kinder zu ihrer Beute, indem sie ihnen eine Vision einer perfekten Welt zeigt, um ihre Zustimmung zu sichern. Nur Menschen unter zwanzig Jahren können diese Helden überhaupt sehen, was die Last des Kampfes gegen sie Kindern und Jugendlichen auferlegt.

Im modernen Japan, wo Heldenangriffe ganze Teile Tokios dem Erdboden gleichgemacht haben, steht eine Eliteeinheit namens Charon als primäre Verteidigung. Charon besteht aus Überlebenden eines verheerenden Heldenangriffs und wird von einem jungen Mann namens Azuma angeführt, der durch die Helden alles verloren hat und nur deren Vernichtung anstrebt. Die Einheit setzt mächtige organische Waffen ein, um die Helden effektiv zu bekämpfen. Azuma ist fest davon überzeugt, dass die Rettung der Helden unmöglich ist und dass Ausrottung der einzige Weg nach vorn ist.

Eine eigensinnige junge Wissenschaftlerin namens Kaguya Shinohara schließt sich Charon mit einem radikal anderen Ziel an. Anstatt die Helden zu zerstören, erforscht sie Methoden, um die Verwandlung rückgängig zu machen und sie in menschliche Form zurückzuversetzen. Kaguya besitzt eine einzigartige Fähigkeit, die sie von allen anderen unterscheidet: Sie kann tatsächlich mit den Helden sprechen, was bisher für unmöglich gehalten wurde. Diese Fähigkeit zwingt Azuma, die Möglichkeit in Betracht zu ziehen, dass sein totaler Kriegsansatz vielleicht nicht die einzige Option ist. Kaguya wird gegen ihren anfänglichen Willen von ihrem Labor an die Front versetzt, was sie direkt in Konflikt mit Azuma und seiner Einheit bringt, die nach ihren Verlusten Schwierigkeiten haben, ihre Existenz zu akzeptieren.

Der erste große Handlungsbogen führt den zentralen philosophischen Konflikt zwischen Azuma und Kaguya ein, als sie auf dem Schlachtfeld gezwungen sind, zusammenzuarbeiten und dabei aneinandergeraten. Kaguya wird direkt in einen Angriff verwickelt, und das Charon-Team beginnt, Potenzial in ihrem Forschungsansatz zu sehen. Sie entdeckt auch etwas Fantastisches und Beängstigendes über sich selbst. Der erste Band endet mit einem großen Höhepunkt, der wie ein natürlicher Endpunkt wirkt, aber Raum für Fortsetzung lässt.

Ein zweiter Band spielt zwei Monate nach der Schlacht mit der Göttin in Akihabara. Eine neue weibliche Mitglied namens Haru Takanashi wird zur Rehabilitation und Ausbildung Charon zugeteilt, obwohl deutlich wird, dass ihre Karriere von höheren Autoritäten überwacht wird. Haru erweist sich als eine noch beeindruckendere Präsenz als Azuma, die besessen daran glaubt, andere mit einer selbstgerechten Überzeugung zu retten, die Azuma lächerlich findet. Dieser Band erkundet Themen wie Ermutigung, Neid, Sarkasmus und Verrat.

Im dritten Band wird Kaguyas Geist in die Geisterwelt eines Helden absorbiert. Azuma und seine Gefährten müssen das Mädchen beschützen, das ihr Herz verloren hat, während sie der Wahrheit hinter den Helden und der Göttin selbst gegenüberstehen. Dieser Bogen bringt das Team mit den grundlegenden Geheimnissen der Verwandlung konfrontiert und zwingt sie, alles in Frage zu stellen, was sie über den Feind, gegen den sie gekämpft haben, zu wissen glaubten.