Im Jahr 1560, in der Provinz Iga, der Geburtsstätte des Ninjutsu im feudalen Japan, tobt ein geheimer Krieg zwischen dem Templerorden und der Assassinenbruderschaft. Dieser Konflikt bildet den Hintergrund für die ursprüngliche Mangageschichte, die den Ereignissen des Videospiels Assassin’s Creed Shadows vorausgeht.

Die Erzählung konzentriert sich auf Masayasu, den Sohn eines Dorfherrn, der ein friedliches Leben führt, bis eine Gruppe von Kriegern sein Zuhause angreift. Trotz seiner Stärke kann er nicht alle retten und wird selbst in letzter Sekunde von Hattori Hanzo, einem Shinobi-Lehrling, gerettet. Inspiriert von Hanzos Fähigkeiten und getrieben von dem Wunsch, diejenigen zu schützen, die ihm am Herzen liegen, beschließt Masayasu, Shinobi zu werden. Nachdem er seinen Wert bewiesen hat, beginnt er sein intensives Training unter dem legendären Ninjutsu-Meister Momochi Sandayu.

Bald darauf erhält Masayasu seine erste große Mission: zu verhindern, dass die Templer die kaiserlichen Insignien Japans stehlen, ein Plan, der es ihnen ermöglichen würde, die Kontrolle über das Land zu erlangen. Um erfolgreich zu sein, muss er sich mit seinem Retter Hanzo und einer mysteriösen, äußerst talentierten jungen Shinobi namens Tsuyu zusammenschließen, die Mitglied der Assassinenbruderschaft, des Bundes der verborgenen Klinge, ist. Gemeinsam muss dieses ungewöhnliche Trio seine eigenen Rivalitäten und Unterschiede überwinden, während es gegen den wachsenden Einfluss der Templer in ganz Japan kämpft. Die Geschichte zeigt auch andere historische und legendäre Figuren der Epoche, wie den berühmten Shinobi Hattori Hanzo und Momochi Sandayu, wie sie für Gerechtigkeit kämpfen, im Dunkeln leben, aber dem Licht dienen.