In Head Runner fühlt sich ein junger Mann namens Wataru Kazeshiro, als hätte er nichts, womit er sein Leben verbringen möchte, und treibt ziellos dahin. Seine richtungslose Existenz wird erschüttert, als der einzige vertraute Mensch in seinem Leben, ein älterer Bekannter, Selbstmord begeht. In den Folgen dieses schockierenden Ereignisses nimmt Wataru den lebenden Kopf des alten Mannes an sich und beginnt eine verzweifelte Flucht, die eine surreale Flucht mit einem lebenden Kopf einleitet. Die Geschichte folgt Wataru auf seiner Flucht, während er den abgetrennten Kopf des alten Mannes trägt, dessen Wünsche und unerfüllte Ziele ein Rätsel bleiben. Während er rennt, erforscht die Erzählung, warum der alte Mann diesen Weg gewählt hat, was seine wahren Wünsche waren und wie Wataru diese Wünsche interpretieren und weiterführen wird. Die Serie spielt in einer zeitgenössischen Welt, die im Realismus verankert ist, jedoch durch diese bizarre und spannungsgeladene Prämisse auf den Kopf gestellt wird. Wataru ist der zentrale Protagonist, ein junger Mann, der von seiner eigenen Vergangenheit und inneren Konflikten geplagt wird und dessen verborgene Geschichte allmählich ans Licht kommt, während der Druck seiner Flucht zunimmt. Der alte Mann, dessen Kopf Wataru trägt, ist der Katalysator für die gesamte Handlung, dessen unbekannte Wünsche die Verfolgung antreiben. Der Autor ist Takashi Kajiyama, bekannt für das vorherige Werk Kid Nabbers. Der Erzählbogen beginnt mit dem schockierenden Selbstmord und der Entscheidung, den Kopf an sich zu nehmen, und geht sofort in eine spannende Suspense-Geschichte über die Flucht selbst über. Dieser Fluchtbogen zwingt Wataru, sich sowohl äußeren Bedrohungen als auch seinen eigenen psychologischen Narben zu stellen. Im Verlauf der Geschichte verlagert sich der Fokus darauf, die vergangenen Schatten aufzudecken, die Wataru mit sich trägt, und vertieft das Geheimnis, warum er mit diesem alten Mann verbunden war und was der alte Mann wirklich erreichen wollte. Die Handlung verwebt die physische Gefahr der Verfolgung mit einer inneren Reise der Selbstentdeckung, während Wataru gezwungen ist, sich eine Zukunft für sich selbst vorzustellen, die auf dem letzten Wunsch eines anderen basiert.