Parasitic Capriccio beginnt in einem nahegelegenen Zukunftstokio, in dem eine neue Lebensform aufgetaucht ist: mikroskopisch kleine parasitäre Larven, die das menschliche Nervensystem befallen, insbesondere die Region, die den künstlerischen Impuls und den kreativen Antrieb steuert. Der Schauplatz ist eine weitläufige Metropole, die zwischen sterilen, kontrollierten Zonen und verfallenen Außenbezirken aufgeteilt ist, in denen sich die Infektion unkontrolliert ausgebreitet hat. Der zentrale Konflikt entsteht nicht dadurch, dass die Parasiten den Tod verursachen, sondern durch eine bizarre und erschreckende Verwandlung. Infizierte Wirte, bekannt als Maestros, entwickeln einen unstillbaren Zwang, Kunst zu schaffen, doch ihre Körper verformen sich physisch, um zum Medium zu werden. Hautschuppen werden zu Farbspänen, Haare versteifen sich zu Geigensaiten und Stimmbänder mutieren, um Frequenzen zu erzeugen, die Glas zersplittern und die Wahrnehmung verzerren.

Die Geschichte folgt Ren Soma, einem ehemaligen Wunderkind-Pianisten, der bei einem Laborunfall seine Hände verloren hat und nun als Parasiten-Bekämpfungsoffizier arbeitet. Seine Hauptwaffe ist ein Schallstörsender, der auf die spezifischen Frequenzen abgestimmt ist, die die Parasiten beruhigen oder erregen. Er arbeitet mit Kiri Utsuro zusammen, einer erfahrenen Offizierin, deren Körper ein lebender Käfig für eine ruhende Königsparasitin ist, was ihr die Fähigkeit verleiht, Maestros aus Meilen Entfernung zu spüren, aber gleichzeitig ihre eigenen Erinnerungen und ihre Persönlichkeit langsam auslöscht. Ihr erster größerer Fall betrifft einen Vermisstenfall im Shinjuku Art Block, der sie zu einer ehemaligen Konzerthalle führt, die nun als Nest dient. Dort treffen sie auf den ersten großen Antagonisten, einen Maestro namens Der Dirigent, dessen Körper mit der Pfeifenorgel der Halle verschmolzen ist, was es ihm ermöglicht, seinen parasitären Einfluss über ganze Stadtteile auszustrahlen und gewöhnliche Bürger zu Choristen zu machen, die gedankenlos eine wahnsinnig machende Melodie summen.

Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen den Fugue State-Bogen, in dem Ren in die Sperrzone von Chiyoda eindringen muss, um ein Gerücht über ein Heilmittel zu finden, bevor Kiri's Königsparasitin ihre Identität vollständig verzehrt. Dieser Bogen enthüllt, dass die Parasiten kein Unfall waren, sondern eine gescheiterte Biowaffe, die entwickelt wurde, um Kultur zu militarisieren. Ein weiterer wichtiger Bogen ist das Capriccio der Massen, bei dem eine Splittergruppe von Maestros, die die Verwandlung als Evolution betrachten, einen renommierten Komponisten entführt, um ihn zu zwingen, eine Symphonie zu schreiben, die ein Massenverpuppungsereignis in der gesamten Stadt auslösen wird. Die Erzählung steigert sich zu einem psychologischen und Body-Horror-Thriller, der Ren zwingt, der Möglichkeit ins Auge zu sehen, dass sein eigener Wunsch, Musik zu schaffen, genau der Impuls sein könnte, der ihn für den Parasiten anfällig macht. Die Geschichte gipfelt im Tokioter Opernhaus, wo Ren entscheiden muss, ob er das Parasitennetzwerk zerstören und alle Kunst zum Schweigen bringen oder es sich ausbreiten lassen soll, was eine neue, monströse Form menschlichen Ausdrucks hervorbringt.