Eines Tages senkte sich ein seltsamer Nebel über die japanische Insel Kibitsujima. Als er sich lichtete, war die Landschaft unwiderruflich verändert, und kolossale, albtraumhafte Kreaturen durchstreiften nun das Land. Diese Wesen, bekannt als Super-Bestien, tauchten eine nach der anderen auf und hinterließen jeweils eine Spur von Tod und Zerstörung. Als Reaktion auf diese existenzielle Bedrohung wird eine spezialisierte Organisation namens Ward Office gegründet, um die Kreaturen zu bekämpfen und einzudämmen. Der Protagonist ist Kazuki Kisaragi, ein Psychologe, der dieser gefährlichen Aufgabe zugeteilt wird. Anstatt aus der Katastrophenzone zu fliehen, segelt Kisaragi direkt ins Chaos, ernannt zum Sektionsleiter der Sicherheitssektion 4.

Kisaragi stellt schnell fest, dass seine neue Rolle weit komplexer ist als nur das Kämpfen gegen Monster. Er erfährt, dass das Ward Office genetisch veränderte Mädchen einsetzt, sogenannte Hexen, die mit Super-Bestien-DNA infundiert wurden, um der Menschheit eine Chance im Kampf gegen die Kreaturen zu geben. Seine Hauptaufgabe ist nicht taktische Führung, sondern als Therapeut für diese Hexen zu fungieren, ihren mentalen Zustand zu überwachen, um zu verhindern, dass die Bestienzellen ihre Körper übernehmen und sie in Raserei versetzen. Ihm zur Seite steht eine Reihe faszinierender Charaktere, darunter die sachliche Sicherheitsabteilungsleiterin Sumire Hasegawa, der kaltherzige Chef Tomohiko Munehiro und die messerscharfe Hexen-Agentin Miko Mikoshiba, ein scheinbar emotionsloses Mädchen, das ihre Austauschbarkeit akzeptiert hat.

Die Erzählung folgt Kisaragi, während er darum kämpft, eine Verbindung zu Mikoshiba aufzubauen und ihr Trauma zu verstehen, und dabei seine psychologischen Pflichten mit der ständigen Bedrohung durch Super-Bestien-Angriffe in Einklang bringt. Die Serie baut ihre Welt auf, indem sie die Ursprünge der Hexen erkundet. Die Organisation namens Beast Workers Union erklärt Kisaragi die Natur der Bestien und das Potenzial, das sie für die Menschheit bergen, und enthüllt, dass die Grenze zwischen Mensch und Monster erschreckend dünn ist. Dies führt dazu, dass Kisaragi eine entscheidende Entscheidung bezüglich der Zukunft der ihm unterstellten Hexen trifft. Der Konflikt eskaliert dramatisch mit dem Auftauchen der stärksten Super-Bestie, Screamer, deren Kraft alles übertrifft, was das Ward Office je zuvor erlebt hat, und ihre Kräfte an den Rand des Abgrunds treibt.

Während die Geschichte in einen umfassenden Krieg um die Insel übergeht, entdeckt die Sicherheitssektion, dass nicht alle Monster rein kopflose Naturgewalten sind. Bei einer Mission zur Wiederherstellung eines Wasserkraftwerks treffen sie auf die Super-Bestie namens Keukegen, nur um festzustellen, dass sie ursprünglich eine Hexe war, die die Kontrolle verlor und sich verwandelte. Diese Enthüllung fügt ihrer Mission eine tragische Ebene hinzu. Im letzten Band steht die Welt am Rande des Zusammenbruchs, das Team ist zerrissen und Vertrauen ist nach einem Verrat durch die abtrünnige Hexe Ayame knapp. Als die bisher mächtigste Super-Bestie mit erschreckender Intelligenz und einer verheerenden Agenda auftaucht, müssen die überlebenden Mitglieder der Taskforce ein letztes Mal zusammenstehen und in einer apokalyptischen Schlacht, die das Schicksal der Menschheit selbst entscheidet, die Grenzen zwischen Wissenschaft und Zauberei verwischen.