In der japanischen Regionalstadt Fuyuki findet alle paar Jahrzehnte ein uraltes Ritual namens Heiliger-Gral-Krieg statt. Der Heilige Gral, ein legendäres Artefakt, von dem es heißt, es erfülle jeden Wunsch, erscheint und beschwört sieben Magier, die jeweils einen als Diener wiedergeborenen Heldengeist binden. Diese Diener gehören sieben Klassen an: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin und Berserker. Die Paare kämpfen auf Leben und Tod, bis nur noch eines übrig bleibt.

Rin Tohsaka, eine junge, begabte Magierin aus einer angesehenen Familie, ist bereit, das Vermächtnis ihres verstorbenen Vaters Tokiomi fortzuführen und den Fünften Heiligen-Gral-Krieg zu gewinnen. Sie versucht, den stärksten Diener, Saber, zu beschwören, ruft stattdessen aber einen arroganten und rätselhaften Archer herauf, der seinen eigenen Namen vergessen hat. In der ersten Nacht des Krieges beobachten Rin und Archer, wie ein anderer Diener, Lancer, einen Jungen an ihrer Schule angreift. Um die Existenz des Krieges zu vertuschen, verletzt Lancer den Jungen, Shirou Emiya, tödlich. Rin rettet ihm mit ihrem Anhänger das Leben, eine Entscheidung, die ihr Schicksal an seines bindet.

Shirou, ein Waise, der vor Jahren ein verheerendes Feuer überlebte, wurde vom verstorbenen Magier Kiritsugu Emiya adoptiert. Seitdem träumt er davon, ein „Held der Gerechtigkeit“ zu werden, obwohl seine magische Ausbildung unvollständig ist. Nachdem er in den Krieg hineingezogen wird, beschwört Shirou versehentlich seinen eigenen Diener, Saber, eine mächtige Ritterin mit einem unsichtbaren Schwert. In der örtlichen Kirche erklärt der Priester Kirei Kotomine die Regeln des Krieges, und Shirou willigt widerstrebend ein, als siebter Meister teilzunehmen, in der Hoffnung, eine weitere Tragödie wie das Feuer, das seine Kindheit zerstörte, zu verhindern.

Obwohl sie Feinde sind, schließen Rin und Shirou einen vorübergehenden Waffenstillstand, um die Nacht zu überleben. Sie werden sofort von Illyasviel von Einzbern und ihrem monströsen Diener, Berserker, angegriffen. Saber behauptet sich, doch Archer schießt plötzlich einen riesigen, schwertähnlichen Pfeil ab, der sowohl Saber als auch Berserker fast trifft. Shirou rettet Saber und bricht vor Erschöpfung zusammen. Als er aufwacht, beginnt er mit Saber zu trainieren, während er versucht, seine Freundin Sakura Matou und seine Vormundin Taiga Fujimura über den tödlichen Konflikt in ihrer Stadt im Unklaren zu lassen.

Der Waffenstillstand zwischen Rin und Shirou vertieft sich, als sie ein über ihrer Schule errichtetes Bounded Field entdecken, das darauf ausgelegt ist, Lebensenergie von unschuldigen Schülern abzusaugen. Der Drahtzieher ist Shinji Matou, Sakuras arroganter Bruder, der den Diener Rider befehligt. Shirou lehnt Shinjis Angebot einer Allianz ab. Bei der Untersuchung der Quelle des Feldes finden Shirou und Rin Rider bereits von einem unbekannten Feind getötet vor. Shinji flieht und enthüllt eine tiefere Verschwörung, an der die listige Dienerin Caster und ihr geheimnisvoller Meister beteiligt sind.

Im Bergtempel versucht Caster, Shirous Befehlssiegel zu stehlen. Archer kommt, um ihn zu retten, doch die Rettung hat gewaltsame Kosten. Archer verachtet Shirous naive Ideale. Als Shirou Archers zynische Bereitschaft ablehnt, unschuldige Leben für den Sieg zu opfern, bricht Archer den Waffenstillstand seines Meisters und versucht, Shirou zu ermorden, was Saber zwingt, ihren Meister gegen ihn zu verteidigen. Rin verwendet ein Befehlssiegel, um Archer zum Gehorsam zu zwingen, doch die Bindung zwischen Rin und ihrem Diener ist zerstört, und Shirou muss sich fragen, ob sein Traum, alle zu retten, ein edles Ziel oder ein Fluch ist, der ihn zerstören wird. Der Manga enthält auch nicht-kanonische Bonus-Kapitel am Ende jedes Bandes, gesammelt als Tohsakabe, die humorvolle Alternativszenarien darstellen, in denen Rin verschiedene Diener beschwört.