Ein junger Junge namens Natsuki unternimmt mit seiner älteren Nachbarin Nanaka einen Ausflug zu einem Technologiepark. Ihr gewöhnlicher Tag wird zerstört, als der Himmel plötzlich aufreißt und eine schwarze Flammenkugel direkt auf ihn herabstürzt, wodurch er das Bewusstsein verliert.

Als Natsuki erwacht, stellt er fest, dass fünf Jahre vergangen sind. Die Welt, die er einst kannte, ist verschwunden, ersetzt durch eine albtraumhafte Landschaft, die von Monstern verwüstet wurde. Der Technologiepark und seine Umgebung haben sich in eine verwüstete Einöde verwandelt, in der die Menschheit ums Überleben kämpft. Natsuki findet Nanaka wieder, doch sie ist nicht mehr die Nachbarin, an die er sich erinnert; sie ist zu einer abgehärteten Mitglied einer kleinen Gruppe von Überlebenden geworden, die um ihr Leben gegen die monströsen Bedrohungen kämpfen.

Natsuki selbst hat eine bedeutende Veränderung durchgemacht. Er ist zu einer mysteriösen dunklen Macht erwacht, die es ihm erlaubt, schwarze Flammen zu beschwören, was ihn in dieser harten neuen Realität als etwas Einzigartiges kennzeichnet. Bewaffnet mit dieser gefährlichen Fähigkeit, beschließt er, sich auf eine Reise zu begeben, um zu verstehen, was während seiner verlorenen Jahre geschah, und einen Weg zu finden, die Welt in ihren ursprünglichen Zustand zurückzuversetzen.

Die Geschichte folgt Natsuki, während er sich in dieser postapokalyptischen Umgebung zurechtfindet, sich den Monstern stellt, die nun das Land beherrschen, und mit den Auswirkungen seiner neuen Kräfte ringt. Der zentrale Handlungsbogen konzentriert sich auf seine Suche nach Wiederherstellung und erforscht Themen wie Überleben, Verlust und die Last, zerstörerische Kraft in einer Welt auszuüben, die bereits von einer Katastrophe zerschmettert wurde.