Zwanzig Jahre nach dem entscheidenden Endkampf, der das Schicksal der Welt besiegelte, ist der legendäre Söldner Sousuke Sagara mit Kaname Chidori verheiratet. Sie führen ein alles andere als friedliches Leben mit ihren zwei außergewöhnlichen Kindern. Ihre Tochter Natsumi ist eine Oberschülerin, die die volle Kampfkraft ihres Vaters geerbt hat. Ihr Sohn Yasuto ist ein Grundschüler und ein begabter Hacker.

Die neue Mission der Familie ist es, friedlich eine Familie zu gründen, aber das Wort Frieden steht nicht in ihrem Wörterbuch. Die Geschichte beginnt, als Sousuke ruhig erklärt, dass er eine Waffe aus dem Schrank braucht. Natsumi fragt, ob er sein übliches Karabiner und eine Granate möchte. Kaname ist verzweifelt, als sie entdeckt, dass ihr Ehemann immer noch ein Waffenversteck hat, obwohl er stets behauptet, sie nicht zu brauchen. Als sich Feinde nähern, wird Kaname gesagt, sie könne sich später beschweren.

Die Familie zieht ständig in neue Städte in Japan, um Bedrohungen zuvorzukommen. Obwohl die Terrororganisation Amalgam durch die Ereignisse der vorherigen Geschichte zerschlagen wurde, verfolgen ihre Überreste und neue Kräfte, die an gefährliche Informationen gelangt sind, die Familie weiterhin. Sie zielen speziell auf Kaname wegen ihrer Whispered-Fähigkeiten ab. Die Familie Sagara wehrt sich jedes Mal gegen diese Feinde, wenn sie auftauchen, aber Sousuke besteht nun auf nicht-tödlichen Mitteln, da Töten schlecht für die Erziehung der Kinder sei. Die Familie überwältigt ihre Feinde im Allgemeinen mit Sousukes Erfahrung, Kanames Ressourcen als Präsidentin mehrerer Unternehmen und den natürlichen Talenten ihrer Kinder.

Jenseits der ständigen Kämpfe konzentriert sich die Erzählung auf den Kampf der Familie, sich in die normale Gesellschaft einzufügen. Sousuke ist auch nach zwei Jahrzehnten nicht in der Lage, sich vollständig an das zivile Leben anzupassen. Er macht sich große Sorgen, ob es richtig ist, seine Kinder in dieser Umgebung aufzuziehen, besonders wenn er sieht, wie sie ihre Kampftalente zeigen. In der Zwischenzeit müssen sie ihre wahre Natur vor Nachbarn und Klassenkameraden verbergen, während sie mit Situationen wie extremer Kamerascheu umgehen.

Bemerkenswerte Handlungsbögen beinhalten, dass die Familie in ein neues Zuhause einzieht, darunter ein Einfamilienhaus mit drei Schlafzimmern in der Präfektur Saitama, eine Hochhauswohnung in Tokio und eine Villa am Meer in Kamakura. Die Geschichte zeigt auch die Rückkehr beliebter Nebencharaktere aus der Originalserie. Melissa Mao und Kurz Weber erscheinen mit ihrer Tochter Clara, die als Arm-Slave-Ingenieurin arbeitet. Andere ehemalige Klassenkameraden der Jindai-Oberschule tauchen ebenfalls wieder auf, darunter Atsunobu Hayashimizu und seine Frau Ren, Kyoko Onodera und Shinji Kazama. Die Geschichte verbindet sich mit Full Metal Panic! Another durch Clara Mao und die Einführung eines neuen Arm Slaves namens Azur Raven.