"Full Metal Panic! (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Light-Novel-Reihe von Shoji Gatoh, die von Retsu Tateo illustriert wurde. Die Handlung spielt in einer alternativen Welt, in der die Technologie fortgeschrittener ist als in der realen Welt, insbesondere im Bereich der militärischen Anwendungen. Die Geschichte verbindet Elemente von Militärwissenschaft, Mecha-Action und Highschool-Komödie.

Die Hauptfigur ist Sousuke Sagara, ein junger Soldat der geheimen Organisation Mithril, die gegen terroristische Bedrohungen kämpft. Sousuke ist spezialisiert auf den Einsatz von Arm Slaves (AS), humanoide Kampfmaschinen, die in modernen Konflikten eingesetzt werden. Er erhält den Auftrag, die Schülerin Kaname Chidori zu beschützen, die scheinbar ein normales Leben an einer japanischen Highschool führt. Kaname ist jedoch unbewusst Trägerin des "Whispered"-Phänomens, einer seltenen Fähigkeit, die es ihr ermöglicht, fortschrittliche technologische und wissenschaftliche Kenntnisse zu erlangen, die für militärische Zwecke von großem Interesse sind.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass verschiedene Organisationen, darunter die terroristische Gruppe Amalgam, versuchen, Kaname zu entführen oder ihre Fähigkeiten auszunutzen. Sousuke muss nicht nur seine militärischen Fähigkeiten einsetzen, um sie zu schützen, sondern sich auch an das zivile Leben an der Schule anpassen, was oft zu komischen Situationen führt. Seine Unkenntnis über alltägliche Dinge und sein militärisches Verhalten sorgen für zahlreiche Konflikte und Missverständnisse, insbesondere mit Kaname, die trotz ihrer anfänglichen Abneigung eine enge Beziehung zu ihm entwickelt.

Die Handlung wechselt zwischen intensiven Kampfszenen, in denen Sousuke in seinem AS, dem Arbalest, gegen feindliche Kräfte antritt, und ruhigeren Momenten, die das Schulleben und die zwischenmenschlichen Beziehungen der Charaktere beleuchten. Neben Sousuke und Kaname spielen weitere Figuren eine wichtige Rolle, darunter die Mithril-Mitglieder Melissa Mao und Kurz Weber, die Sousuke bei seinen Missionen unterstützen, sowie Feinde wie Gauron, ein skrupelloser Terrorist, der immer wieder als Antagonist auftritt.

Die Geschichte entwickelt sich von anfänglich isolierten Missionen zu einer umfassenderen Handlung, die die Hintergründe des "Whispered"-Phänomens, die Ziele von Amalgam und die Vergangenheit der Charaktere aufdeckt. Dabei werden Themen wie Verantwortung, Loyalität und die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft behandelt. Die Manga-Adaption bleibt dabei eng an der Vorlage der Light-Novel-Reihe und bietet eine visuell ansprechende Darstellung der Actionsequenzen und emotionalen Momente.