In der Welt von Ninja Sarutobi Sasuke wird der legendäre japanische Volksheld in zwei unterschiedlichen und radikal verschiedenen Weisen neu interpretiert. Die künstlerisch bemerkenswerteste Version, 1969 von Shigeru Sugiura geschaffen, verwandelt den klassischen Ninja in einen schelmischen, gestaltwandelnden Abenteurer, der durch eine surreale und verrückte Landschaft hüpft, die jeder Logik trotzt. Diese Version ist ein Gag-Manga mit atemberaubenden Pop-Art-Bildern, in dem traditionelle Samurai-Dramen auf das Absurde treffen. Sasukes Reise ist keine Suche nach Ehre, sondern ein wilder, psychedelischer Ausflug, bei dem er auf Cowboys aus dem amerikanischen Wilden Westen, UFOs und Aliens, historische Segelschiffe und futuristische U-Boote, bewaffnete Gesetzlose, turmhohe Pilzwolken und sogar Prominente aus den mittleren 1960er Jahren trifft. Die Geschichte rast von einer bizarren Episode zur nächsten, während der unbeschwerte junge Scherzbold frei Wurmlöcher in Zeit und Raum öffnet, seine Ninjutsu nicht für ernsthafte Kämpfe, sondern für slapstickartige Auseinandersetzungen, Essensdiebstähle und allgemeines Chaos in einer Welt einsetzt, die gummiartige Cartoonfiguren mit realistischen Figuren aus amerikanischen Comics und Filmstandbildern vermischt.

Diese Darstellung unterscheidet sich stark von der konventionelleren Version der Geschichte, die in der 1979 erschienenen Anime-Fernsehadaption erscheint, die manchmal ebenfalls unter demselben Namen bekannt ist. In dieser Adaption spielt die Geschichte im Japan des frühen 17. Jahrhunderts, kurz nach Beginn der Edo-Zeit. Ein junger und hochqualifizierter Ninja namens Sarutobi Sasuke dient dem berühmten Kriegsherrn Sanada Yukimura, dem Herrn der Provinz Shinano. Sasuke schließt sich der Sache seines Meisters an und kämpft an der Seite seiner Gefährten, dem eisenkeulentragenden Riesen Miyoshi Seikai Nyudo und dem gutaussehenden, informationssammelnden Ninja Kirigakure Saizo. Der Hauptkonflikt beginnt, als das herrschende Tokugawa-Shogunat die rivalisierenden Iga-Ninja unter der Führung von Hattori Hanzo entsendet, um Yukimura zu eliminieren. Sasuke muss seine Beherrschung der Koga-Ninjutsu, einschließlich Feuertechniken und Verwandlung, einsetzen, um seinen gütigen Meister vor diesen unerbittlichen Attentätern und ihren Machenschaften zu schützen.

Zu den Hauptfiguren der Anime-Version von 1979 gehören der affengesichtige und fröhliche Sasuke, gesprochen von Yoko Matsuoka, der vom Einsiedlermeister Tozawa Hakunsai ausgebildet wurde und darum kämpft, von der Tragödie des Krieges, die er in Sekigahara miterlebt, unberührt zu bleiben. Ihm zur Seite stehen sein Meister, der gutherzige Sanada Yukimura, und seine Verbündeten, der rohe Gewaltkämpfer Miyoshi und der kühle Stratege Kirigakure. Zu den Antagonisten gehören der rücksichtslose Anführer der Iga-Ninja, Hattori Hanzo, und der gerissene Stratege Yagyu Tajima. Die Geschichte weist mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen auf, beginnend mit Sasukes Ausbildung unter Hakunsai und seiner Entscheidung, Yukimura zu dienen, nachdem er die Schrecken des Krieges gesehen hat. Dies führt zu einem langwierigen Kampf gegen die Iga-Ninja, der in einem schicksalhaften Duell zwischen Sasuke und Hanzo gipfelt. In einem wiederkehrenden Nebenplot versucht Hanzos jüngere Schwester Shinobu, zunächst in Lila gekleidet, Sasuke zu täuschen, verliebt sich aber in ihn, nachdem er ihr das Leben rettet, und verlässt schließlich ihren Clan, um ihm aus dem Schatten zu helfen. Später in der Serie erscheint ein neuer Zauberer namens Maryudo, der von Yagyu angeheuert wurde. Dieser Meister der westlichen schwarzen Magie schickt seine Schüler aus, um Sasuke zu eliminieren, was zu einer finalen Konfrontation führt, bei der der Ninja seine Techniken mit Shinobu kombinieren muss, um den dämonischen Feind zu besiegen. Anders als der zeitreisende Comic von 1969 verankert dieser Anime seine fantastischen Elemente in einem traditionelleren historischen Fantasy-Rahmen.