Die Geschichte von FLAGS spielt in einer Ära, die vom großen Ouka-Imperium beherrscht wird, das über ein Drittel der Welt regiert. Um den Frieden zu bewahren und Aufstände in seinen Territorien und anderen Nationen zu verhindern, veranstaltet das Imperium alle acht Jahre den Ouka-Kampfwettbewerb. Bei diesem Turnier werden aus jedem Land fünf Vertreter, sogenannte Patrioten, entsandt, die gegeneinander antreten. Den Siegern winken immenser Ruhm, Ehre und Reichtum. Die Erzählung folgt Kurou Akazome, einem Jungen von der Halbinsel Taiyou im Königreich Toutou, der denselben Weg wie sein Vater einschlägt, um der stärkste Patriot zu werden.

Acht Jahre lang hat Kurou jeden Tag treu eine große dreifache Flagge auf einer Klippe geschwenkt, in dem Glauben, dass sein Vater Tsubame Akazome noch lebt und nach dem Gewinn des Turniers nach Hause zurückkehren wird. Dieses tägliche Ritual hat ihm eine außergewöhnliche Greifkraft in seinen Händen und Fingern verliehen. Kurous Welt verändert sich, als ein Schiff mit fünf Personen ankommt, die sich als die Patrioten von Toutou vorstellen. Einer von ihnen, Nishiki, war Tsubames Kamerad im vorherigen Turnier. Er überbringt die Nachricht von Tsubames Tod im Wettkampf und überreicht Kurou die Waffe seines Vaters, die Bansantou. Die Bansantou ist ein einfacher Eisenstab mit acht eingravierten Löchern. Jedes Loch, das von einem Mitglied der Akazome-Blutlinie aktiviert wird, verwandelt den Stab basierend auf der Vorstellungskraft des Benutzers in eine andere Waffenform. Bevor Kurou offiziell dem Team für das bevorstehende zehnte Turnier beitreten kann, muss er sich beweisen, indem er das erste Loch innerhalb eines einzigen Tages aktiviert.

Tsubame hatte sich im Laufe der Zeit viele Feinde gemacht, und eine Gruppe rachsüchtiger Piraten, die er einst besiegte, die Allianz der Ostrussischen Seepiraten, greift Kurous Heimatstadt an, um Vergeltung zu üben. Gemeinsam mit seinen neuen Kameraden muss Kurou sein Zuhause verteidigen und seine vererbte Kraft meistern. Das Kernteam der Toutou-Patrioten umfasst Seiryumaru, den maskierten Anführer, der einer Linie angehört, in der der Name weitergegeben wird, um das Königreich zu schützen. Nishiki ist der Veteran, der Kurou angeworben hat, immer noch geplagt von der Zeugenschaft von Tsubames Tod und häufig Blut hustend. Nagasu ist ein Feuerwehrmann aus Edo, der einen massiven Hammer führt. Usagi Kagura kämpft mit einer riesigen Puppe, die durch Magnetismus stärker wird, indem sie umliegende Materialien absorbiert, während ihr Bruder Kikuro Kagura ein gefeierter Schauspieler ist, der mit einem Regenschirm kämpft.

Der zentrale Handlungsbogen von FLAGS folgt Kurou von seiner Anwerbung bis zu seiner Ankunft beim Ouka-Turnier selbst. Während er darum kämpft, die acht Formen der Bansantou freizuschalten, stellt er sich der Wahrheit über den Tod seines Vaters und trifft im Turnier auf Gegner. Die ersten Kapitel etablieren den Zusammenhalt des Teams und führen ihre unterschiedlichen Kampfstile gegen die einfallende Piratenbedrohung ein. Der Manga geht dann zum eigentlichen Turnier über, wo Kurou und die Toutou-Patrioten auf Teams wie das Tanalia-Team treffen, wobei Kurou die Bühne für seinen ersten offiziellen Kampf betritt. Die Geschichte endet mit den Turnierkämpfen, während Kurou versucht, sein Versprechen zu erfüllen, nicht nur seine Prüfung zu bestehen, sondern alle acht Kräfte der Bansantou zu erwecken, um der stärkste Patriot von allen zu werden.