Spider-Man: Kizuna spielt auf der Erde-8989, einem alternativen Universum im Marvel-Multiversum, in dem die Handlung von New York City in die fiktive Stadt Ohakama in Japan verlegt wird. Die Geschichte beginnt, als der Grüne Kobold in der Stadt eintrifft, um einen neuen Plan umzusetzen, was Spider-Man dazu zwingt, ihn zu verfolgen. Während des folgenden Kampfes zündet der Grüne Kobold eine molekulare Zerfallsbombe, die den Wandkrabbler trifft und ihn in ein geisterhaftes, nicht-körperliches Wesen verwandelt, das für fast alle unsichtbar ist. Die einzige Person, die diesen spektralen Spider-Man sehen und hören kann, ist ein schüchterner Viertklässler namens Yu Yamato, ein zurückhaltender und übersehener Junge, der es liebt, Manga zu zeichnen und Schwierigkeiten hat, Freunde zu finden.

Als der Grüne Kobold sich darauf vorbereitet, Yu anzugreifen, dringt der geisterhafte Spider-Man in den Körper des Jungen ein und aktiviert ein Gerät, das sie vollständig miteinander verschmilzt. Diese Fusion erschafft einen neuen zusammengesetzten Helden namens Spider-Man Kizuna, wobei Kizuna das japanische Wort für Bindung ist. Yu erhält plötzlich Spider-Mans proportionale Geschwindigkeit, Stärke und Beweglichkeit, aber die Fusion schaltet auch eine einzigartige Kraft frei, die auf Yus kreativer Vorstellungskraft und künstlerischem Talent basiert. Er kann Spider-Mans Netz manipulieren, um Objekte zu konstruieren und sogar völlig neue Kostüme zu entwerfen, was an die Konstrukte eines Green Lantern erinnert. Während der Verbindung existiert Peter Parker als körperloser Geist, der als Spirit Spidey bezeichnet wird, neben Yu schwebt und ihm Führung, Ermutigung und witzige Kommentare bietet, während der junge Held lernt, dass mit großer Macht auch große Verantwortung einhergeht.

Die Erzählung folgt einer meist episodischen Struktur, die sich auf Yus Doppelleben konzentriert. Während er die Schule besucht, verteilt der Grüne Kobold spezielle Gegenstände, sogenannte Schurken-Abzeichen, an Yus Klassenkameraden und andere Bürger. Diese Münzen verleihen den ahnungslosen Empfängern die Kräfte und Persönlichkeiten von Spider-Mans klassischen Schurken und verwandeln sie in Chibi-Versionen von Bösewichten wie dem Kleinen Geier, Electro Boy, Petit Sandman und Black Kitty Cat. Als Yu erkennt, dass die Antagonisten eigentlich Opfer sind, die korrumpiert wurden, muss er den Mut finden, als Spider-Man Kizuna gegen sie zu kämpfen, um den Griff des Kobolds zu brechen, seine Freunde wieder zu normalisieren und dabei echte Bindungen zu ihnen aufzubauen. Im Laufe der Serie überwindet Yu allmählich seine Schüchternheit, findet neue Freunde und entwickelt möglicherweise eine Liebesbeziehung, während er versucht, seine geheime Identität zu schützen und einen Weg zu finden, Spider-Man in seinen physischen Körper zurückzubringen.