Captain Tsubasa Memories spielt vor den Ereignissen des ursprünglichen Captain Tsubasa-Mangas und konzentriert sich auf die Kindheitsjahre des Protagonisten Tsubasa Ozora, wobei die Lücken seiner Vergangenheit gefüllt werden, über die Fans lange gerätselt haben. Die Geschichte beginnt mit der Erkundung der legendären Rivalität zwischen Tsubasa und dem genialen Torhüter Genzo Wakabayashi und enthüllt die Wahrheit hinter ihrer ersten Begegnung, die den japanischen Fußball für immer verändern sollte. Die Handlung spielt hauptsächlich an verschiedenen Orten in Japan, darunter die Hinterhöfe Tokios, wo Tsubasa lebte, bevor er nach Nankatsu City zog, und taucht ein in seine einsamen frühen Jahre, als er ein Junge war, der Fußball liebte, aber in einer Nachbarschaft lebte, in der Baseball weitaus beliebter war, was ihn in der Schule isoliert und allein ließ.

Der Manga entfaltet sich durch eine Reihe miteinander verbundener Vignetten, die überraschende neue Fakten über bekannte Charaktere enthüllen. Ein bemerkenswerter Handlungsbogen untersucht die Entstehung von Wakabayashis ikonischem Spitznamen SGGK, dem Super Great Goalkeeper, und zeigt das frühe Training und die Entschlossenheit, die seine legendären Fähigkeiten formten. Eine weitere bedeutende Handlung folgt Tsubasa während seiner unbekannten Zeit in Tokio, wo seine besorgte Großmutter ihm Baseballausrüstung kaufte, in der Hoffnung, dass er sich anderen Kindern anpassen würde, nur um zu sehen, wie er den Sport aufgab und unter Tränen erklärte, dass selbst wenn er allein sei, Fußball seine wahre Leidenschaft sei – ein Moment, der sie schließlich überzeugte, seine Träume zu unterstützen. Während dieser Zeit freundete sich Tsubasa mit einem Mädchen namens Yayoi an, das ihn einlud, das Fußballtraining ihres älteren Bruders an der Mittelschule zu beobachten, sodass seine Großmutter ihn mit Freunden spielen sehen konnte, bevor sie starb.

Die erste One-Shot-Geschichte beschreibt detailliert den Morgen des entscheidenden Spiels zwischen der Nankatsu-Grundschule, für die Tsubasa spielt, und der Shutetsu-Grundschule, angeführt von Wakabayashi. An diesem Tag teilen Tsubasa und sein brasilianischer Trainer Roberto Hongo eine Mahlzeit, die von Tsubasas Mutter zubereitet wurde, bevor sie den Rest des Nankatsu-Teams zum letzten Morgen-Training treffen. Währenddessen beeilt sich Sanae, mit Hilfe ihrer Mutter und Großmutter eine Fahne für Tsubasa fertigzustellen, Wakabayashi trainiert intensiv mit seinem Trainer Mikami, und ein junger Taro Misaki kommt während seines Schulwechsels in der Stadt an und spürt, dass etwas Aufregendes auf dem Spielfeld bevorsteht. Tsubasa nimmt sogar an den 200-Meter- und Weitsprung-Wettbewerben der Schul-Sportveranstaltung teil, während er einen Fußball dribbelt, und verblüfft die Zuschauer mit seiner Ausdauer und seinem Können. Die Sammlung endet mit der Geschichte des Umzugs der Familie Ozora nach Nankatsu, die Tsubasas Kindheitserinnerungen abrundet und die Bühne für die legendäre Fußballkarriere bereitet, die folgen sollte.