Subaru ist ein gewöhnlicher junger Mann mit dem Traum, ein Spieler zu werden, ein übermenschliches Wesen, das durch mysteriöse Tore tritt, um Kreaturen zu töten und die Menschheit zu verteidigen. Nach Jahren unerbittlichen Mobbings und Missbrauchs durch seinen jüngeren Bruder Taiga und seine Altersgenossen erscheint endlich eine Tür der Prüfungen vor Subaru, die ihm die Macht verleiht, die er immer wollte. Er wird nicht als bestehender Kupfer-, Silber- oder Goldrang ausgewählt, sondern als einziger Regenbogenrang-Spieler, der die einzigartige Fähigkeit besitzt, Blut frei zu manipulieren. Sein Aufstieg bringt ihn jedoch direkt ins Visier seines Bruders.

Die Welt steht vor einer zusätzlichen existenziellen Bedrohung jenseits der Tore: der Himmelsuhr. Dieser massive Timer am Himmel zählt auf Null herunter, was das Ende der Welt bedeuten würde. Wenn Spieler ein Tor räumen, wird die verbleibende Zeit, die an seinem Eingang angezeigt wird, zur Himmelsuhr hinzugefügt, wodurch der Weltuntergangs-Countdown hinausgezögert wird. Umgekehrt kann ein Scheitern zu massiven Abzügen der verbleibenden Zeit führen. Dies schafft ein Umfeld mit hohen Einsätzen, in dem jede Tormission direkte und messbare Auswirkungen auf den Überlebenszeitplan der Menschheit hat.

Die Geschichte folgt Subaru, während er darum kämpft, seine neu gewonnenen Kräfte zu meistern und im Rang aufzusteigen. Bald wird er mit einem Mädchen namens Sōka zusammengebracht, und gemeinsam stellen sie sich zunehmend gefährlichen Toren. Die frühen Handlungsbögen beinhalten, dass Subaru von den Kräften in diesen Toren völlig überfordert ist und sich der unmittelbaren Gefahr durch seinen Bruder Taiga stellen muss, der einen tiefsitzenden Groll hegt. Nach einer kritischen Mission, bei der Sōka tödlich verwundet wird, ist Subaru gezwungen, eine verzweifelte Wahl zu treffen, indem er eine Macht einsetzt, die sie wiederbelebt, aber in einen vampirischen Diener verwandelt, der an ihn gebunden ist, was seine Beziehungen zu ihren Schwestern belastet.

Während die Serie in ihre zweite große narrative Phase fortschreitet, wird eine tiefere Ebene eingeführt. Subaru erhält Zugang zu „Erinnerungen an die Zukunft“, die von seinem zukünftigen Ich zurückgeschickt werden. Diese Erinnerungen enthalten Enthüllungen über acht bevorstehende „Katastrophen“, die dazu bestimmt sind, seine Freunde zu töten. Entschlossen, das Schicksal umzuschreiben, muss Subaru dieses Vorwissen nutzen, um komplexe Verhandlungen mit mächtigen Wesen aus der anderen Welt zu führen und Tore von beispielloser Schwierigkeit zu überwinden, wie ein Sechs-Sterne-Tor, in dem der erste Bereich ein Inferno von 290 Grad Celsius erreicht. Dieser Handlungsbogen verschiebt den Konflikt vom bloßen Überleben zu einem strategischen Kampf gegen eine vorbestimmte tragische Zukunft.

Die Umgebung erweitert sich vom modernen Japan, das von Verliesen belagert wird, um andere Reiche vollständig: die „andere Welt“ jenseits der Tore, in der Monster existieren, und die „Leere-Welt“, in der die Meister der Prüfungen residieren. Eine Schlüsselfigur ist der „wahre Vorfahre“ Vanquish, ein hochrangiger Vampirfürst aus der anderen Welt, der jetzt in der Leere-Welt lebt und die Quelle von Subarus Macht ist. Die Gründe, warum diese mächtigen Wesen der Menschheit ihre Stärke leihen, bleiben ein zentrales Rätsel, mit Hinweisen darauf, dass das Spielersystem selbst versteckte Kosten hat und dass eine bedeutendere Bedrohung jenseits des letzten Tores der Himmelsuhr selbst liegen könnte.