Psych House ist ein spezielles Zuhause, das für Menschen eingerichtet wurde, die übernatürliche Fähigkeiten namens Psychs erweckt haben. Die Geschichte beginnt, als eine junge Frau namens Kotone beim Ladendiebstahl von ihrem exzentrischen neuen Klassenkameraden Nemuru erwischt wird. Kotone hat heimlich ihre Teleportationskraft genutzt, um Essen zu stehlen, weil ihre Mutter krank im Krankenhaus liegt und die Familie kein Geld hat. Nemuru ist jedoch kein gewöhnlicher Schüler; sein Psych erlaubt es ihm, seine Größe nach Belieben zu verändern. Anstatt sie zu verraten, enthüllt er sein eigenes Geheimnis und lädt Kotone ein, ihr altes Leben hinter sich zu lassen.

Nemuru bringt Kotone zum namensgebenden Psych House, einer Gemeinschaftsunterkunft, die von der Regierung eingerichtet wurde, um Menschen mit diesen Kräften zu überwachen und unterzubringen. Dort entdeckt Kotone eine kleine Gemeinschaft anderer Psychiker, die unter einem Dach zusammenleben, die Herausforderungen ihrer außergewöhnlichen Fähigkeiten meistern und gleichzeitig versuchen, ein normales Alltagsleben zu führen. Die Erzählung konzentriert sich auf dieses unterstützende, fast familiäre Umfeld und bietet einen Slice-of-Life-Ansatz für das Superhelden-Genre.

Zu den Hauptfiguren gehören Kotone, ein Mädchen, das mit Schuld und Verzweiflung kämpft und lernt, ihre Kräfte für die Schöpfung statt für Verbrechen einzusetzen, und Nemuru, ein mysteriöser und enthusiastischer Junge, der als Rekrutierer und Betreuer des Hauses fungiert. Die Geschichte spielt hauptsächlich innerhalb der Mauern von Psych House und der umliegenden Stadt in der Präfektur Yamanashi und vermischt das alltägliche Highschool-Leben mit übernatürlichen Possen mit geringem Einsatz.

Obwohl die Serie kurz ist, enthält sie mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen. Der Einführungsbogen behandelt Kotonens Rekrutierung und ihr anfängliches Misstrauen gegenüber der Gruppe. Ein nachfolgender Bogen zeigt ein Fangen-Spiel mit ihren verschiedenen Psychs, das als Teambuilding-Übung für die Bewohner dient. Eine weitere bedeutende Handlung dreht sich darum, dass die Mitbewohner zusammenarbeiten, um eine Willkommensparty für Kotone zu schmeißen, bei der sie lernt, ihre Teleportationsfähigkeit für praktischere und freudvollere Zwecke einzusetzen, wie zum Beispiel für Partydekorationen. Das übergeordnete und letztlich ungelöste Ziel ist die Suche nach einem Heiler-Psych-Nutzer, der möglicherweise Kotonens kranke Mutter heilen könnte.