Im Universal Century Jahr 0079 wird das Y-02-Entwicklungs- und Trainingsteam, eine Einheit von Zeon-Testpiloten unter dem Kommando von Sondereinsatzleutnant Cucuruz Doan, damit beauftragt, Prototyp-Mobile Suits unter Feldbedingungen zu testen. Doan ist ein harter, aber begabter Anführer, dessen Lehren die ihm unterstellten Männer prägen. Seine Desertion aus dem Militär löst jedoch das Team auf und verfolgt seine ehemaligen Untergebenen, die gezwungen sind, den brutalen Einjahreskrieg allein zu überstehen.

Anstatt die klassische Geschichte aus der Perspektive des Föderationspiloten Amuro Ray neu zu erzählen, verlagert dieser Manga den Fokus auf die Zeon-Soldaten, die Doan zurückgelassen hat. Der Protagonist ist Vasili Bosch, ein Unteroffizier, der einst unter Doan diente. Nachdem sein kommandierender Offizier ihren Posten verlässt, wird Vasili in die nordamerikanischen Bodentruppen eingegliedert. Während er durch ein chaotisches Schlachtfeld vorrückt, trifft seine Einheit auf einen nicht identifizierten Mobile Suit, der die Zeon-Streitkräfte erschüttert: den Gundam der Föderation.

Die Erzählung verwebt Vasilis gegenwärtigen Überlebenskampf mit Rückblenden auf seine Zeit beim Y-02-Team. Über verschiedene Fronten verstreut, sehen sich andere ehemalige Mitglieder der Einheit, darunter Calca und Hjalmar, nicht nur dem Militär der Föderation gegenüber, sondern auch dem Geist der Moral ihres ehemaligen Kommandanten. Die Geschichte folgt ihrer Teilnahme an den frühen Phasen der Operation British, einer katastrophalen Zeon-Operation, die Milliarden von Opfern fordert, und der anschließenden Invasion der Föderationsfestung Jaburo. Auf dem Schlachtfeld sind sie gezwungen, schwierige Entscheidungen zu treffen, während der Pragmatismus des Krieges mit der inneren Moral kollidiert, die Doan scheinbar wiederentdeckt hat, als er sich dafür entschied, verwaiste Kinder zu schützen, anstatt Befehlen zu folgen.

Die Handlung erstreckt sich von der berüchtigten Dark Colony, einem Ort, der im Original-Anime angedeutet, aber hier vollständig verwirklicht wird, bis zur entscheidenden Schlacht von A Baoa Qu. Als der Krieg seinem Höhepunkt entgegengeht, trifft Vasily seine überlebenden Kameraden vom Y-02-Team wieder. Ihr letztes Gefecht spielt sich vor dem Hintergrund des Chaos ab, während die Zeon-Führung sich gegeneinander wendet. Der unerbittliche Black Gundam steht zwischen ihnen und dem Überleben und zwingt die verwirrten Soldaten an der Front, zu hinterfragen, wofür es sich wirklich zu kämpfen lohnt: Liebe, Familie oder Kameraden. Die Enthüllung der ganzen Wahrheit hinter Cucuruz Doans Desertion von seinem Posten und seiner Flucht mit den Kindern liefert eine beunruhigende Antwort und bringt seiner ehemaligen Einheit dringend benötigten Trost, als der Krieg schließlich zum Stillstand kommt.