Sieben Jahre vor Beginn der Geschichte wurde die Vorstadtstadt Mikurigaoka New Town von einer bizarren Katastrophe namens Fafrotskies verwüstet, bei der unzählige Gegenstände und seltsame Wesen vom Himmel fielen. Dieses Ereignis forderte fast 70.000 Todesopfer und verwandelte das Gebiet in einen anhaltenden Hotspot für übernatürliche Phänomene. Diese Phänomene werden Geister genannt – realitätsverzerrende Anomalien, die die Gesetze der Physik und des gesunden Menschenverstands ignorieren. Als Reaktion auf die anhaltende Krise richtete die japanische Regierung das Korrekturbüro ein, eine Organisation, die damit beauftragt ist, Geister zu untersuchen, zu verwalten und zu neutralisieren, um die schrumpfende Bevölkerung der Stadt von weniger als tausend Einwohnern zu schützen.

Die Geschichte folgt Hifumi Kagome, einem Schüler der zweiten Klasse der Mittelschule und Einheimischen aus Mikurigaoka, der als Fixer arbeitet – ein Agent, der befugt ist, Geisterfähigkeiten einzusetzen, um die Bedrohungen zu bekämpfen. Sein Leben ändert sich mit der Ankunft von Moka Kirarazaka, einer rüpelhaften neuen Schülerin, die ebenfalls als neue Fixerin eingesetzt wird. Anfangs geraten sie aufgrund ihrer unvereinbaren Persönlichkeiten aneinander, werden aber gezwungen, Partner zu werden. Um die Geister zu bekämpfen, verwenden sie spezielle Ausrüstung und ihre eigenen angeborenen Kräfte. Hifumi besitzt eine primäre Ausrüstung namens Eisenkörper, die es ihm ermöglicht, sein Fleisch wie Stahl zu verhärten, und eine sekundäre Waffe namens Die Allesschneidende Klinge, ein Spielzeugkatana, das jede Substanz durchtrennen kann, aber nur einmal pro Scheide funktioniert. Moka verwendet eine primäre Ausrüstung namens Geisterverschiebung, die ihr die Fähigkeit verleiht, immateriell zu werden, und einen gigantischen Magen, einen scheinbar normalen Koffer mit unendlicher Lagerkapazität. Sie bevorzugt auch eine Maschinenpistole, die ihre Munition alle vier Sekunden automatisch zurücksetzt. Begleitet werden sie von einer kleinen Klasse mit nur fünf Schülern, darunter das mechanische Genie Subaru Hoshi und Jina Komatsu, deren Körper aufgrund des Einflusses eines Geistes langsam unsichtbar wird.

Während Hifumi und Moka daran arbeiten, die Realität zu „korrigieren“, indem sie Geister neutralisieren, werden sie in einen größeren Konflikt verwickelt. Eine riesige Uhr im Korrekturbüro zeigt einen Countdown zum Schlüpfen einer Entität namens das Kleine Kuckucksei an, ein Ereignis, das eine apokalyptische Verzerrung auslösen könnte. Den Fixern gegenüber steht die Heimkehrsekte, ein apokalyptischer Kult, der das Ei schlüpfen lassen will, in dem Glauben, dass es eines von drei Wundern bringen wird: Zeitreise, Auferstehung oder Weltfrieden. Die Erzählung webt auch tiefere Geheimnisse über die wahre Natur der Fafrotskies ein, warum bestimmte Geister weltverändernde Kräfte besitzen und die Geheimnisse ihrer eigenen Vergangenheit. Bemerkenswerterweise ist die Welt von Ghost Fixers eine heimliche Fortsetzung des vorherigen Werks des Autors, Summertime Render, da Charaktere aus dieser Serie, darunter die Wissenschaftlerin Haine Minakata und der Schriftsteller Ryuunosuke Nagumo, als Autoritäten im Korrekturbüro auftauchen, was bestätigt, dass diese Geschichte in einer zukünftigen Zeitlinie nach den Ereignissen des früheren Mangas spielt.