Im Jahr 2030 wurde die Welt durch einen plötzlichen Angriff unbekannter riesiger biologischer Waffen verwüstet. Die Täter, eine Gruppe von Individuen, die sich Tokoshie nennen, entfesselten überwältigende Gewalt auf Großstädte, bevor sie spurlos verschwanden. Acht Jahre später entdecken die Überreste der Menschheit, dass die Bedrohung zurückgekehrt ist. Die Bühne ist in der fiktiven Stadt Ido in der Präfektur Toyama, Japan, bereitet, wo die zweite Runde des Kampfes zwischen der Menschheit und den Tokoshie beginnen soll.

Die Geschichte dreht sich um das Wiederauftauchen eines bestimmten Tokoshie mit der Bezeichnung Nummer 10, der auf der Shin Minato Brücke erscheint. Nummer 10 stehen mehrere Fraktionen mit widersprüchlichen Zielen gegenüber. Die jungen Protagonisten Saizaki und Shinako geraten in den Konflikt, während die mysteriöse Firma ANASEL ihre eigene Agenda verfolgt und versucht, das Geheimnis der Unsterblichkeit der Tokoshie zu entschlüsseln. Eine dritte Kraft, die Anshin-Forschungsorganisation, betritt ebenfalls den Schauplatz, wobei jede Seite ihre eigenen Ambitionen und verborgenen Motive hat.

Während eine kolossale elektromagnetische Kanone, die auf einem Monster montiert ist, mit dem Countdown zum Feuern beginnt, werden die ehemaligen Feinde zu einer unruhigen Allianz gezwungen. Saizaki, Shinako, die Anshin-Forschungsorganisation und ANASEL treffen auf der Shin Minato Brücke zusammen, vereint durch ein einziges verzweifeltes Ziel: Tokoshie Nummer 10 zu stoppen, bevor die Waffe abfeuert und die Menschheit der totalen Vernichtung gegenübersteht. Das Schicksal der Welt hängt vom Ausgang dieser letzten, alles entscheidenden Konfrontation ab.